| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 292 (1.020) | 18 (0.080) | 12/132 | NT | 8.2% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 162 (0.690) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
GATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAT > USA300TCH1516_ALE/759936‑760116 | aaaataattaacttttgtgatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta > 2:4399987‑M1/91‑91 (MQ=255)aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta < 1:352334‑M1/1‑1 (MQ=255)aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta > 1:258615‑M1/91‑91 (MQ=255)aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta > 2:1026702‑M1/91‑91 (MQ=255)aaaataattaacttttgtcatgacaattaaagtaatgtttagaatttattaagaatagaaaaacaattagcacgcgtaagcttgttagtta < 1:2090734‑M1/1‑1 (MQ=255) atAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATaaa < 1:379834/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |