| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1457718 | NA (NA) | 22 (0.090) | 13/138 | NT | NA | intergenic (+103/+28) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1457722 | NA (NA) | intergenic (+107/+24) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG | |||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAA > USA300TCH1516_ALE/1457650‑1457807 | cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGAtttt > 2:3727064/1‑91 (MQ=31)cTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGAtttt > 1:781716/1‑91 (MQ=31) gACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGCGGTTTTGATTTTAc > 1:1012987/1‑91 (MQ=18) aCTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACt > 1:537560/1‑91 (MQ=34) aCTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACt > 1:3225266/1‑91 (MQ=34) cTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTa > 2:3863826/1‑91 (MQ=35) cTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTa > 2:3862389/1‑91 (MQ=35) cTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTa > 2:3200311/1‑91 (MQ=35) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:578259/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:2668605/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat > 1:1834506/1‑91 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat > 2:2233665/1‑91 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:2026222/91‑1 (MQ=37) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 1:4518782/1‑91 (MQ=40) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 1:264098/1‑91 (MQ=40) 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tAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaattt < 1:4754735/91‑1 (MQ=255) aGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaattta > 2:1535012/1‑91 (MQ=255) gggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTtaatttattaatttat > 2:557258/1‑91 (MQ=255) ggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTaatttattaatttatt < 2:1668367/91‑1 (MQ=255) ggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTaatttattaatttatt > 1:718369/1‑91 (MQ=255) gCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAatttattt > 1:1514712/1‑91 (MQ=255) gCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAatttattt > 1:3054727/1‑91 (MQ=255) cTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTc > 1:1089671/1‑91 (MQ=255) tGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCt < 1:4285777/91‑1 (MQ=255) ggCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTa < 2:5262643/91‑1 (MQ=255) gCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTaa < 2:4768655/91‑1 (MQ=255) ccAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAg < 1:430737/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 1:1600123/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 2:4054288/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 2:4027851/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 2:1351408/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt > 2:609659/1‑91 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 1:4009720/91‑1 (MQ=255) aGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGta < 1:5332692/91‑1 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 2:3430740/1‑91 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 2:3053731/1‑91 (MQ=255) tAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaat > 1:4586469/1‑91 (MQ=255) tAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaat < 1:2529962/91‑1 (MQ=255) aggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaataa > 1:1883127/1‑91 (MQ=255) aggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaataa > 1:3599518/1‑91 (MQ=255) aggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaataa > 1:2805597/1‑91 (MQ=255) aggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaataa > 1:4978851/1‑91 (MQ=255) ggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAAc < 1:119998/91‑1 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAAcc > 2:4855230/1‑90 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACg > 1:5238185/1‑91 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACg < 1:5074273/91‑1 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACg > 2:2373426/1‑91 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACg > 2:3380679/1‑91 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACg > 1:2210742/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 2:3301131/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt < 1:3667093/91‑1 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt < 1:855425/91‑1 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 1:1264463/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg > 2:2888256/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg > 2:5504929/1‑91 (MQ=255) 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accaccCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAaataat > 2:2731697/1‑91 (MQ=255) accaccCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAaataat > 1:3787615/1‑91 (MQ=255) caccCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATcc < 2:354861/91‑1 (MQ=255) cccGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccac > 1:1349592/1‑91 (MQ=255) cccGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccac < 2:5297978/91‑1 (MQ=255) cccGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccac > 1:4991359/1‑91 (MQ=255) ccGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccacc < 2:2900244/91‑1 (MQ=255) cGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATccacca > 2:3198023/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |