| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2062959 = | 321 (1.120) | 13 (0.050) | 7/132 | NT | 5.3% | intergenic (+40/+150) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2063001 = | 198 (0.840) | intergenic (+82/+108) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS | |||||
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
ATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTT > USA300TCH1516_ALE/2062869‑2063049 | aTTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCATTTAATTAAACTTTATTTTCTAGTTTCTACAATTTAAATAAAATAAaga > 2:5234499/1‑91 (MQ=255) ttttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAagag < 1:4905809/91‑1 (MQ=255) ttttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAagag < 1:5304816/91‑1 (MQ=255) aaaataaaaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaag > 2:211449‑M1/90‑91 (MQ=255) tttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGt < 2:3244298/91‑1 (MQ=255) ttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTc < 1:2134238/91‑1 (MQ=255) ttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTc < 2:1128053/91‑1 (MQ=255) ttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTc < 2:2946850/91‑1 (MQ=255) tAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCa < 1:2527706/91‑1 (MQ=255) ataaaaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCa > 1:5116974‑M1/87‑91 (MQ=255) gAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAAc < 2:645383/91‑1 (MQ=255) aaaaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAAc < 1:1322148‑M1/7‑1 (MQ=255) aaaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgccgcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAAcc < 1:4782943‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacgaacaaaagaaAGTCAAcc < 1:4970699‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAAcc < 2:4854258‑M1/8‑1 (MQ=255) aaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCa < 2:4377105‑M1/9‑1 (MQ=255) aaggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCa < 2:3448613‑M1/9‑1 (MQ=255) aaCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATACAGAGCCAACCa > 2:4590786/1‑91 (MQ=255) aaCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCa < 1:2820243/91‑1 (MQ=255) aggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCaa < 1:1356077‑M1/10‑1 (MQ=255) aCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCaa < 2:331960/91‑1 (MQ=255) aCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCaa > 2:4289252/1‑91 (MQ=255) aCCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCaa > 2:1744083/1‑91 (MQ=255) ggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCAAg > 2:4174050‑M1/81‑91 (MQ=255) ggttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaaaaatacaaacaaaagaaAGTCAACCAAg > 2:370209‑M1/81‑91 (MQ=255) ccTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAg > 1:3432400/1‑91 (MQ=255) ccTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAg > 2:5567450/1‑91 (MQ=255) gttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCAAgg < 1:2315221‑M1/12‑1 (MQ=255) gttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccccagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCAAgg < 2:5452080‑M1/12‑1 (MQ=255) cTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAgg < 2:528234/91‑1 (MQ=255) ttacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCAAGGa < 2:2064312‑M1/13‑1 (MQ=255) ttAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGa < 2:850922/91‑1 (MQ=255) tacattagcaattgcttggacgagtggtaacgaaacgtataccgcagcatcgtgtaaaaacaatacaaacaaaagaaAGTCAACCAAGGAt < 2:4799734‑M1/14‑1 (MQ=255) tAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAt < 1:1124228/91‑1 (MQ=255) aGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAtt < 2:5357035/91‑1 (MQ=255) cAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATa > 1:1207072/1‑91 (MQ=255) aaaGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAg > 1:4017894/1‑91 (MQ=255) aGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGa < 2:4768495/91‑1 (MQ=255) 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ataaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGta < 2:2706283/91‑1 (MQ=255) taaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtat < 2:2788400/91‑1 (MQ=255) taaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtat < 1:5334386/91‑1 (MQ=255) aaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtata < 2:3971849/91‑1 (MQ=255) aaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATAc < 1:4537037/91‑1 (MQ=255) aaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATAc < 1:1814197/91‑1 (MQ=255) aataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACg < 2:2306868/91‑1 (MQ=255) taaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGtt > 1:3518884/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |