New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2062959 = | 321 (1.120) | 13 (0.050) | 7/132 | NT | 5.3% | intergenic (+40/+150) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
? | USA300TCH1516_ALE | 2063001 = | 198 (0.840) | intergenic (+82/+108) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
TTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTC > USA300TCH1516_ALE/2062911‑2063091 | ttaattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt > 2:1504874/1‑91 (MQ=255) ttaattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 2:4903041/91‑1 (MQ=255) ttaattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 1:3730163/91‑1 (MQ=255) ttaattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 1:3448045/91‑1 (MQ=255) ttaattaaACTTTAGTTTCTAGTTTCAACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 2:5555202/91‑1 (MQ=255) attaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttctt > 1:1078535/1‑91 (MQ=255) attaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttctt > 2:1742274/1‑91 (MQ=255) attaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttctt > 1:215362/1‑91 (MQ=255) aCTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtt > 2:4678862/1‑91 (MQ=255) ttATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTttgtttgt < 1:1987361/91‑1 (MQ=255) tATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTa > 2:2453126/1‑91 (MQ=255) aTTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGTGTTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTAt < 2:5465627/91‑1 (MQ=255) aTTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTAt > 1:524588/1‑91 (MQ=255) aTTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTAt < 2:345075/91‑1 (MQ=255) tttCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTg < 2:3852199/91‑1 (MQ=255) ttCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGTAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGt > 2:4003276/1‑91 (MQ=255) ttCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGt > 1:3272887/1‑91 (MQ=255) tCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtt < 1:2396407/91‑1 (MQ=255) tAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtttt > 1:3166931/1‑91 (MQ=255) aGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttttt > 1:4769432/1‑91 (MQ=255) aGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttttt > 2:621644/1‑91 (MQ=255) gTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTac > 1:5151623/1‑91 (MQ=255) gTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTac < 2:5608817/91‑1 (MQ=255) ttCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTaca < 2:357244/91‑1 (MQ=255) tCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTacac < 1:2743698/91‑1 (MQ=255) tCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTacac < 1:415593/91‑1 (MQ=255) tCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTacac < 1:409357/91‑1 (MQ=255) cTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACg < 2:2510551/91‑1 (MQ=255) cTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACg < 2:202401/91‑1 (MQ=255) cAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtg > 2:1030984/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgc < 1:1742131/91‑1 (MQ=255) tttAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgctg > 1:4466245/1‑91 (MQ=255) tttAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgctg > 1:4648226/1‑91 (MQ=255) tttAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgctg > 1:3541649/1‑91 (MQ=255) aataaaataaAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGt < 1:3918064/91‑1 (MQ=255) aataaaataaAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGt > 1:788336/1‑91 (MQ=255) ataaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGta < 1:2202485/91‑1 (MQ=255) taaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtat < 1:5334386/91‑1 (MQ=255) taaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtat < 1:1850432/91‑1 (MQ=255) taaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtat < 2:5281708/91‑1 (MQ=255) aaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtata > 1:1428494/1‑91 (MQ=255) aaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtata < 2:3971849/91‑1 (MQ=255) aataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACg < 1:650035/91‑1 (MQ=255) aataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACg < 1:1386917/91‑1 (MQ=255) aataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACg < 1:4334473/91‑1 (MQ=255) taaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGtt < 1:2259985/91‑1 (MQ=255) agagTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCg > 1:5597896/1‑91 (MQ=255) agagTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCg > 2:2234070/1‑91 (MQ=255) agagTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCg < 1:1830243/91‑1 (MQ=255) gagTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGt > 2:4335161/1‑91 (MQ=255) gagTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGt > 2:3783963/1‑91 (MQ=255) gagTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGt > 1:57020/1‑91 (MQ=255) GTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTa > 2:4577792‑M1/1‑91 (MQ=255) GTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTa > 2:2699605‑M1/1‑91 (MQ=255) tcaaccaaggatggattcctattttaatccttggttgactTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTAc > 1:2828445‑M2/41‑91 (MQ=255) TCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTAc < 2:4829825‑M1/91‑1 (MQ=255) TCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTAc < 1:259472‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCa > 2:1138968‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCa > 1:2962506‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCAc > 2:4400270‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCAc > 1:842602‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCAc < 2:4796277‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCg > 1:4908690‑M1/1‑91 (MQ=255) AGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGt > 1:3285579‑M1/1‑91 (MQ=255) GATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTcc > 2:827170‑M1/1‑91 (MQ=255) GATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTcc > 2:1184462‑M1/1‑91 (MQ=255) TTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtttt > 2:4188773‑M1/1‑50 (MQ=255) tAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAg < 2:1449521/91‑1 (MQ=255) ggattcctattttaatccttggttgactTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAg > 2:3333415‑M2/29‑91 (MQ=255) aaaaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGc < 2:2762922/91‑1 (MQ=255) aaaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCa > 1:1248279/1‑91 (MQ=255) aaaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCa > 2:4449115/1‑91 (MQ=255) aaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCaa < 1:910280/91‑1 (MQ=255) aTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAAt > 2:1330217/1‑91 (MQ=255) aGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTg < 2:5431665/91‑1 (MQ=255) ggAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGc > 1:1036953/1‑91 (MQ=255) ggAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGc < 2:2989162/91‑1 (MQ=255) gAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTATATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCt > 1:5511158/1‑91 (MQ=255) atccatccTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTaa < 1:5061876/91‑1 (MQ=255) ccatccTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATg > 2:399145/1‑91 (MQ=255) ccatccTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATg > 1:1308076/1‑91 (MQ=255) catccTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGt < 1:1606311/91‑1 (MQ=255) catccATGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGTGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGt > 2:1982883/1‑91 (MQ=255) atccttggttgactTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTa > 2:1794379‑M2/15‑91 (MQ=255) cttggttgcctTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAAcc < 2:140335‑M2/80‑1 (MQ=255) cttggttgactTTCTTTTGTTTGTATTTTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAAcc > 2:370209‑M2/12‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |