New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2833267 = | 301 (1.050) | 6 (0.020) | 5/148 | NT | 2.1% | intergenic (‑603/+487) | lipA_2/hisI | Lipase 1/Phosphoribosyl‑AMP cyclohydrolase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2833307 = | 282 (1.060) | intergenic (‑643/+447) | lipA_2/hisI | Lipase 1/Phosphoribosyl‑AMP cyclohydrolase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
TAAGTATCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACATTTCT > USA300TCH1516_ALE/2833177‑2833357 | taagtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATAc < 1:3124494/91‑1 (MQ=255) taagtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATAc < 2:4569102/91‑1 (MQ=255) aagtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACa < 1:1486118/91‑1 (MQ=255) aagtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACa < 1:1904904/91‑1 (MQ=255) atttatactataaatacaaatatatctagcctgaaatagaaatgtcatagcctatttaaaagacaatctccattagaactaagatatgCAt < 2:4049420‑M1/3‑1 (MQ=255) agtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACAt > 1:5041599/1‑91 (MQ=255) agtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACAt > 2:324904/1‑91 (MQ=255) agtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACAt > 1:5375368/1‑91 (MQ=255) agtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACAt > 1:3420559/1‑91 (MQ=255) agtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACAt > 2:1604632/1‑91 (MQ=255) tttatactataaatacaaatatatctagcctgaaatagaaatgtcatagcctatttaaaagacaatctccattagaactaagatatgCATc > 1:2420820‑M1/88‑91 (MQ=255) gtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATc > 2:1752201/1‑91 (MQ=255) gtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATc < 2:2865245/91‑1 (MQ=255) ttatactataaatacaaatatatctagcctgaaatagaaatgtcatagcctatttaaaagacaatctccattagaactaagatatgCATcc > 1:2884999‑M1/87‑91 (MQ=255) 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aTTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAagtt < 1:3725528/91‑1 (MQ=255) ttttAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAagttag > 1:254301/1‑91 (MQ=255) ttttAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAagttag < 1:4199886/91‑1 (MQ=255) ttAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAagttagtt > 1:2152259/1‑91 (MQ=255) tAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGttt > 1:4897294/1‑91 (MQ=255) tATCGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAg < 1:5250909/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTc < 1:1422701/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTc < 2:1241750/91‑1 (MQ=255) 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aaaTACATCCCATAAAGTTAGTTTTATAGTCTAACTTTCGGGATGCATACCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACa < 2:5228957/91‑1 (MQ=255) aaaCATCCCATAAAGTTAGTTTTTTCGTCTAACTGTCGGGATGCATGTCTTAGTTCCAATGGAGATTGTCATTTAAATAGGCTATGACAtt > 2:4717689/3‑91 (MQ=255) aTACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGCGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACAtt < 1:4658829/91‑1 (MQ=255) tACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACAttt > 2:1644382/1‑91 (MQ=255) aCATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACATTTc < 2:3703756/91‑1 (MQ=255) CATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACATTTCt < 1:2972127‑M1/91‑1 (MQ=255) | TAAGTATCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACATTTCT > USA300TCH1516_ALE/2833177‑2833357 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |