| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2833267 = | 301 (1.050) | 6 (0.020) | 5/148 | NT | 2.1% | intergenic (‑603/+487) | lipA_2/hisI | Lipase 1/Phosphoribosyl‑AMP cyclohydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2833307 = | 282 (1.060) | intergenic (‑643/+447) | lipA_2/hisI | Lipase 1/Phosphoribosyl‑AMP cyclohydrolase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
TGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACATTTCTATTTCAGGCTAGATATATTTGTATTTATAGTATAAATACA > USA300TCH1516_ALE/2833217‑2833397 | tGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGc < 1:376870/91‑1 (MQ=255)tGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGc > 1:3374550/1‑91 (MQ=255)tGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGc < 1:2937207/91‑1 (MQ=255) gAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCa < 1:1069374/91‑1 (MQ=255) aaCTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTATCTTTCGGGATGCat < 2:4658596/91‑1 (MQ=255) aaCTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCat < 2:1160336/91‑1 (MQ=255) 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tcGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGgaga < 2:4506354/91‑1 (MQ=255) cGATTTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAATTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGgagct > 2:613883/1‑89 (MQ=255) cGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGAt > 1:1568589/1‑91 (MQ=255) gAATTTATGATGATTAGCATAAAACTACATCCCATACAGTTCGTTTCTGAGTCTAACTCTCGGGATGCATCACGCAGTTCTAATGgaaact > 2:3183365/1‑87 (MQ=255) gAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGAtt < 1:2738130/91‑1 (MQ=255) aaTTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTg < 2:1333060/91‑1 (MQ=255) aaTTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTg < 1:3956783/91‑1 (MQ=255) tttATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTc < 2:381833/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |