| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 16941 = | NA (NA) | 23 (0.020) | 10/148 | NT | 100% | coding (121/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | 16948 = | 0 (0.000) | coding (114/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAT > CP000731/16858‑17038 | aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 1:4928298‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 1:3154817‑M2/1‑1 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 2:5054021‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 1:4612445‑M2/1‑1 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 1:1022602‑M2/1‑1 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 2:1154880‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa > 2:284335‑M2/91‑91 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 2:1412321‑M2/1‑1 (MQ=255)aggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaa < 1:1327519‑M2/1‑1 (MQ=255) ggatgttatcactgtggccgttggctactatctaagatatgcatttagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaAc < 2:5541127‑M2/2‑1 (MQ=255) ggatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaAc < 2:3461267‑M2/2‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:1134329‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:4112693‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:5211500‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 2:622195‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg > 1:3325438‑M2/89‑91 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:74124‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg > 2:4133760‑M2/89‑91 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:1502622‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:2513123‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 2:1567913‑M2/3‑1 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatctaaagtatgcattgagctatcgtgaaatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaatg < 2:4719972‑M2/3‑3 (MQ=255) gatgttatcactgtagccgttggctactatcgaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACg < 1:5245953‑M2/3‑1 (MQ=255) atgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGt > 2:3553030‑M2/88‑91 (MQ=255) atgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGt < 1:3477156‑M2/4‑1 (MQ=255) atgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGt > 1:3596903‑M2/88‑91 (MQ=255) atgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGt > 2:1657436‑M2/88‑91 (MQ=255) atgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGt > 1:4187970‑M2/88‑91 (MQ=255) tgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGtt < 1:2948230‑M2/5‑1 (MQ=255) tgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGtt > 2:4584030‑M2/87‑91 (MQ=255) tgttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGtt > 1:1931174‑M2/87‑91 (MQ=255) gttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGTtc > 2:1044886‑M2/86‑91 (MQ=255) gttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGTtc < 2:3297414‑M2/6‑1 (MQ=255) gttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGTtc < 2:3244329‑M2/6‑1 (MQ=255) gttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGTtc < 2:2258260‑M2/6‑1 (MQ=255) gttatcactgtagccgttggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatagatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGTtc < 1:3991392‑M2/6‑1 (MQ=255) tatgcattgagccatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCaa > 2:2677650‑M2/53‑91 (MQ=255) gATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACG > 2:3782487‑M2/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |