| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 805359 = | 275 (0.960) | 12 (0.050) | 7/126 | NT | 6.2% | intergenic (‑284/+57) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 805402 = | 146 (0.650) | intergenic (‑327/+14) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase | |||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
GGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACATTTAACGATTATCTATTTTTTCGGGATATAAATCATGATTCATCAAACGATGCTCAGCCATTTTTTCATATTTAGAAT > USA300TCH1516_ALE/805312‑805492 | ggTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTtta < 2:866891/91‑1 (MQ=255)ggTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTtta < 1:2950624/91‑1 (MQ=255)ggTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTtta > 1:429510/1‑91 (MQ=255)ggTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTtta < 1:4952110/91‑1 (MQ=255) gTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTAATTGGTGTGTttat > 1:1676407/1‑91 (MQ=255) tataAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTCTGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTttatt > 1:5603169/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |