New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082639 = | 149 (0.820) | 8 (0.050) | 8/242 | NT | 5.5% | intergenic (+280/+44) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2082667 = | 135 (0.780) | intergenic (+308/+16) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
ATGGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2082783‑2082639 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACACT > USA300TCH1516_ALE/2082667‑2082806 ATGGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTG < 1:329826/141‑1 GGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCC > 2:896652/1‑141 GTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGACAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 4:660990/141‑1 GTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTTACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 2:876368/141‑1 GTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 4:83843/141‑1 GTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 3:149733/1‑141 GTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 2:1139877/141‑1 TTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT < 2:1081811/141‑1 AAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAA < 1:1002069/141‑1 TGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 2:1442964/1‑128 TGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 1:1442964/128‑1 TAAAAACTGAGTAACAAGTTTAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAG < 1:924411/141‑1 ATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAA < 1:447976/141‑1 CATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCAT > 1:220234/1‑141 AATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCA < 3:653069/132‑1 AATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCA > 4:653069/1‑132 ATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAA > 1:968115/1‑79 ATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAA < 2:968115/79‑1 attCCTTATTATAAAATTAAAGATGAGGATGTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCATGTGTTAAGTCTACATATGTTGACTAACCATTTTTAAAATACACTTTA < 2:827005/138‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTAT < 3:212651/141‑1 GCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATA > 1:534923/1‑141 CTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACA < 1:1317450/141‑1 TTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACAC < 2:317712/141‑1 TTAGTATAAGATTAAAGATGAGAGTTTAATTTCAATATCTATCTTTTAAATGTCAGTTTCGTGAAATACTCTTTCATCTTGATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACAC < 1:1650303/141‑1 TATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACACT < 2:220234/141‑1 ATGGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2082783‑2082639 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACACT > USA300TCH1516_ALE/2082667‑2082806 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |