New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 2082667 = | 135 (0.780) | intergenic (+308/+16) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAA > USA300TCH1516_ALE/2082499‑2082779 | tctctcCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATTACACCTCTACAAATGTaaa > 1:654932/1‑141 (MQ=255) agtgtataaagtgtattttaaaaatggttcgtcaaaatatgtagacttaaaaactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataata < 2:220234‑M1/1‑1 (MQ=255) gtgtataaagtgtattttaaaaatggttcgtcaaaatatgtagacttaaaaactgagtatcaagatgaaagagtatttcacgaaactgacatttaaaagatagatattgaaattaaactctcatctttaatcttatactaa < 1:1650303‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgtataaagtgtattttaaaaatggttcgtcaaaatatgtagacttaaaaactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataataa < 2:317712‑M1/2‑1 (MQ=255) ctctcCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTaaaa < 1:530893/141‑1 (MQ=255) tgtataaagtgtattttaaaaatggttcgtcaaaatatgtagacttaaaaactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAg < 1:1317450‑M1/3‑1 (MQ=255) tctcCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAg > 4:430891/1‑141 (MQ=255) tctcCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAg > 1:247205/1‑141 (MQ=255) tcCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGc > 3:691152/1‑141 (MQ=255) ataaagtgtattttaaaaatggttcgtcaaaatatgtagacttaaaaactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCa < 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(MQ=255) ttataatAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATAttt < 1:1002069‑M1/134‑1 (MQ=255) gTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGa > 3:140884/1‑141 (MQ=255) aaaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTGCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACg > 1:1224982/1‑141 (MQ=255) AAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGaa < 2:1081811‑M1/141‑1 (MQ=255) | TCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAA > USA300TCH1516_ALE/2082499‑2082779 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |