| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 201 (1.100) | 4 (0.030) | 4/222 | NT | 2.4% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 151 (0.950) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2661943‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAACAACT > USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661971 AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATA < 2:1368103/141‑1 GTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAA < 1:640625/141‑1 GTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAA < 3:590321/141‑1 TATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAAT < 2:1520707/141‑1 TATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTCATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAAT < 1:1422100/141‑1 ATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGTTTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATA > 4:20363/1‑141 TTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATAT < 2:265792/141‑1 TTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATA > 2:1015585/1‑141 TTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATA > 2:761505/1‑141 TAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAG < 1:1286971/141‑1 TTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTG < 1:1409233/141‑1 TTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTG < 1:1560338/141‑1 TTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTG < 3:670069/141‑1 TTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTG < 1:449551/141‑1 TTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTG > 1:1322442/1‑141 TCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGA < 1:573732/141‑1 TCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGA < 1:637266/141‑1 CATGTATACAACTCCTATTTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGAT < 4:182016/141‑1 CATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGAT > 2:1625758/1‑141 ATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAAT < 1:228037/141‑1 ATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTG > 1:98176/1‑141 TTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTCAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGATGT > 1:1392615/1‑141 T‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACT > 2:897669/1‑141 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTCAATAACTATTGTTTAAcatt > 4:559642/1‑137 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATGCATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 3:587103/141‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 4:224217/141‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT > 2:363504/1‑141 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 1:516967/141‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT > 2:843314/1‑141 ATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTA < 1:1430691/141‑1 TATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAA > 1:449604/1‑141 TATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTATCTAACCGACTCTGAATAACTATTCTTTAAAAGTTAA < 2:73438/141‑1 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA < 1:1047513/141‑1 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA < 1:228675/141‑1 AGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAA > 1:1062223/1‑141 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAAC < 2:1264356/141‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACA < 2:166041/141‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCATTAAAAATTAAAAACA < 2:1101997/141‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 1:889469/141‑1 GATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC < 2:1560338/141‑1 ATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAACA > 4:132693/1‑141 ATATAATAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTAAAAAAAAACAATTAAATATCGGTATAATAAATACAATTATAAATAAGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTATAAAAATAAAAAACAAACA < 4:151710/141‑1 ATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAACAAC > 2:167405/1‑141 TACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAACAACT < 2:1493607/141‑1 AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTT‑TG‑TCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2661943‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAACAACT > USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |