| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 201 (1.100) | 4 (0.030) | 4/222 | NT | 2.4% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 151 (0.950) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAACAACT > USA300TCH1516_ALE/2661692‑2661971 | cTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGAtata > 3:492738/1‑141 (MQ=255) atatTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACt < 1:1289665/141‑1 (MQ=255) atatTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACt < 1:1392900/141‑1 (MQ=255) atTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTaa > 2:1177088/1‑141 (MQ=255) acatctcctatgtataaagggatttattacaccgatattgaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTaa > 1:1392615‑M1/93‑141 (MQ=255) caactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAAt > 1:98176‑M1/92‑141 (MQ=255) cacaTTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAAttt < 2:557046/141‑1 (MQ=255) acaTTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTta < 2:171443/141‑1 (MQ=255) caTTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTtat < 2:159478/141‑1 (MQ=255) caTTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTtat > 2:803073/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAAATTGCTTTCATATATGCAAATCACATTACACTAGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTtata < 1:356759/141‑1 (MQ=255) ttGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGGACATACATATAAGTATATTCGAAGAATCGCACACTATATTTATCATTGAGA‑CG‑ATATATAGTGTGATATACTAATTTATAACa > 1:156496/1‑141 (MQ=255) gAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATc > 2:204108/1‑141 (MQ=255) aaTTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCta > 1:212628/1‑141 (MQ=255) aaTTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCta > 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1:1434543/1‑141 (MQ=255) tttAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCt < 2:941448/141‑1 (MQ=255) tAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCttt < 1:1357299/141‑1 (MQ=255) aGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTa > 1:515726/1‑141 (MQ=255) a‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTaaa > 3:643105/1‑141 (MQ=255) aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTCAATAACTATTgtttaacatt > 4:559642‑M2/17‑137 (MQ=255) 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4:380182/141‑3 (MQ=255) tgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAaaacaaa < 1:889469‑M2/135‑1 (MQ=255) atatAATAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTAAAAAAAAACAATTAAATATCGGTATAATAAATACAATTATAAATAAGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTATAAAAATAAAAaacaaaca < 4:151710‑M2/137‑1 (MQ=255) atACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAaacaac > 2:167405‑M2/3‑141 (MQ=255) | CTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAACAACT > USA300TCH1516_ALE/2661692‑2661971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |