| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2716752 | 154 (0.840) | 9 (0.050) | 7/232 | NT | 5.5% | intergenic (+60/+90) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2716804 | 168 (1.010) | intergenic (+112/+38) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2716602‑2716752‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcccatacAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTGTTG < USA300TCH1516_ALE/2716804‑2716666 CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 1:1066427/141‑1CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 2:1064994/1‑141CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 1:925173/141‑1CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 2:1231885/1‑141CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 1:424115/141‑1CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 2:94125/1‑141 ACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAA < 1:1514815/141‑1 ACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAA < 2:623344/141‑1 CAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAA > 2:643491/1‑141 CAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAA > 2:39058/1‑141 AATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAG > 1:1444407/1‑141 ATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGC > 4:276748/1‑141 ATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGC < 4:571704/141‑1 TAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCC < 2:350548/141‑1 AAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCAT > 3:403014/1‑141 AAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCAT > 1:359151/1‑141 AGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATA < 3:635498/141‑1 AGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATA < 1:620461/141‑1 AGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATA < 1:621260/141‑1 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 4:109095/1‑141 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 4:46358/1‑141 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 2:1414115/1‑141 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:1651848/1‑141 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:165429/1‑141 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:801257/1‑141 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:57425/1‑141 GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:35538/1‑141 CCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGC > 1:295242/1‑141 TTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAA < 2:972383/141‑1 CGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATC < 2:295242/141‑1 CGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATC < 1:482514/141‑1 GCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCA < 1:1163824/141‑1 GCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCA < 1:1249156/141‑1 TACGGTGATATTCAAAACTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTGAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATCCAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGC < 4:612963/141‑1 TTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTA > 3:22189/1‑112 TTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTA < 4:22189/112‑1 AAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACC > 2:716269/1‑141 AAAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACC < 2:432012/141‑1 AAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCG < 1:1007733/141‑1 AAGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCG < 3:481557/141‑1 AGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGT < 2:1607635/141‑1 AGCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGT > 3:475806/1‑141 GCCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTA > 1:1466837/1‑141 CCCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTAT > 4:562309/1‑141 CCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATT > 2:1072375/1‑141 CCATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATT > 2:1097726/1‑141 CATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACTTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTG < 3:545093/141‑1 ATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGNATATACCCGTATTGT < 2:458309/141‑1 ATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTGT > 1:819008/1‑141 ATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTGT < 3:580322/141‑1 ATACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTGT < 3:158682/141‑1 ACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTGTTG > 1:1570682/1‑141 ACAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTGTTG < 2:1052332/141‑1 CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2716602‑2716752‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcccatacAGAGATGAAGCGTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGTGCAATACCTCGTGAGCAAATATTAATTTTGAATATAACCGTATTGTTG < USA300TCH1516_ALE/2716804‑2716666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |