| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2761242 = | 185 (1.010) | 6 (0.040) | 4/238 | NT | 3.4% | intergenic (‑244/+249) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2761289 = | 164 (0.960) | intergenic (‑291/+202) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2761389‑2761242‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagatttCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCAA > USA300TCH1516_ALE/2761289‑2761428 AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGC < 4:301406/141‑1AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGC < 1:1264403/141‑1 ATGAAGTATTTAAGCGAGAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATCAAATAGGTGGATAAATTGAGATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGGCCTTTAGCC < 2:1385846/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 1:1228405/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 3:281079/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 2:301857/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 2:284847/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 1:775978/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 1:619908/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 1:306450/141‑1 TGAAGGATGTAAGCGATAGTGATATGGGATTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGNTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCA < 1:1406783/141‑1 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGTTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG < 2:1059859/141‑1 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG > 3:224850/1‑141 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG < 1:397306/141‑1 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTATTAAATATGAATATTAAAATAAAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG < 4:363405/141‑1 AGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATGATAGCGACCTTTAGCCAGAT > 2:817322/1‑141 AGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGAT < 4:243890/141‑1 AGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGAT < 1:1007814/141‑1 CTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTC > 2:1438937/1‑141 TGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCA > 1:1232656/1‑141 TGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCA > 4:423546/1‑141 TTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTA > 3:239411/1‑141 GTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGA > 1:270223/1‑141 GTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGA > 1:898809/1‑141 GCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTT < 3:423546/141‑1 CAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAA < 1:897515/141‑1 CAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAA < 1:800839/141‑1 GATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATT > 2:818850/1‑141 GATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATT < 1:453751/141‑1 ATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTT > 1:498136/1‑141 ATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTT > 4:700078/1‑141 ATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTT > 1:933017/1‑141 ATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTAT < 2:813763/88‑1 ATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTAT > 1:813763/1‑88 TTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTC < 3:447612/141‑1 TTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTC > 2:709455/1‑141 TTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCA > 2:812511/1‑141 TCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCAA > 2:1260089/1‑141 TCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCAA > 4:520927/1‑141 AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2761389‑2761242‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagatttCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCAA > USA300TCH1516_ALE/2761289‑2761428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |