| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2761242 = | 185 (1.010) | 6 (0.040) | 4/238 | NT | 3.4% | intergenic (‑244/+249) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2761289 = | 164 (0.960) | intergenic (‑291/+202) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CAAAAAAATCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2761102‑2761381 | cAAAAAAATCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACaaaa > 2:141468/1‑141 (MQ=255) gaaattaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgaaa > 2:709455‑M1/139‑141 (MQ=255) aaattaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt > 4:700078‑M1/138‑141 (MQ=255) aattaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATc < 1:453751‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaaTCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATc < 1:305068/141‑1 (MQ=255) aaaTCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATCACATGGCATGACTAAGCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCt > 1:992876/1‑141 (MQ=255) ttaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTg < 1:800839‑M1/7‑1 (MQ=255) ttaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTg < 1:897515‑M1/7‑1 (MQ=255) ttttttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa > 2:127469/1‑141 (MQ=255) tttttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaa > 4:500101/1‑141 (MQ=255) tttttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaa < 3:689918/141‑1 (MQ=255) tttttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaa > 1:148794/1‑141 (MQ=255) ttttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaaa > 3:324613/1‑141 (MQ=255) ttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAgg < 2:1258731/141‑1 (MQ=255) aaCTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTa > 1:70197/1‑141 (MQ=255) tATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGa < 1:1596137/141‑1 (MQ=255) aaTAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGt < 2:1220394/141‑1 (MQ=255) aaTAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGt < 2:1096740/141‑1 (MQ=255) aaTAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGt < 1:1386332/141‑1 (MQ=255) aGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAAc < 3:470204/141‑1 (MQ=255) aaGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACt < 3:419972/141‑1 (MQ=255) aaGTGTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACt < 1:51/141‑1 (MQ=255) aGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACtt < 2:373076/141‑1 (MQ=255) gTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTc < 1:1251382/141‑1 (MQ=255) gTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTc > 2:1348419/1‑141 (MQ=255) tttGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCa < 1:1514187/141‑1 (MQ=255) ttGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTACTCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCaa > 2:1294517/1‑141 (MQ=255) tgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCa > 1:1232656‑M1/100‑141 (MQ=255) tgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCa > 4:423546‑M1/100‑141 (MQ=255) aTTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTAATGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCa < 2:955401/141‑1 (MQ=255) ccTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTTCTTTCTATTGCACAAAAAATCTTGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGAttt > 2:1482521/1‑141 (MQ=255) ccTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGAttt > 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cTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAACAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAAt < 2:414634/141‑1 (MQ=255) ataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt < 2:813763‑M1/4‑1 (MQ=255) ataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt > 1:813763‑M1/85‑88 (MQ=255) cATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCAc > 4:547232/1‑141 (MQ=255) ggCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTa < 1:982331/141‑1 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAg > 3:404436/1‑105 (MQ=255) 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4:406006/1‑141 (MQ=255) aTTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCatat < 4:144236/141‑1 (MQ=255) ttttATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATAttt > 3:258911/1‑141 (MQ=255) attattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTaaaa < 2:1548503/141‑1 (MQ=255) tattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACg < 2:607339/141‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGCCTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCa > 3:335659/1‑141 (MQ=255) ttGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCa < 3:83100/141‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCa > 1:262921/1‑141 (MQ=255) tGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCat < 1:348524/141‑1 (MQ=255) ttCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCa > 2:871630/1‑141 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGc > 4:308264/1‑141 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGc < 4:203355/141‑1 (MQ=255) cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCTCCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCt < 3:535648/141‑1 (MQ=255) cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCt > 2:589784/1‑141 (MQ=255) acaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGATATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTAATATTTAAAACGCATATCATTATCGCtt < 2:156580/141‑1 (MQ=255) aaaaaTCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTaaa < 2:1437028/141‑1 (MQ=255) aaaaaTCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTGTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTaaa < 2:65305/141‑1 (MQ=255) | CAAAAAAATCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2761102‑2761381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |