| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2793464 = | 238 (1.300) | 5 (0.030) | 3/234 | NT | 2.4% | coding (2179/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2793513 = | 179 (1.060) | coding (2130/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2793613‑2793464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCAC > USA300TCH1516_ALE/2793513‑2793652 gagagaAGTGAGAAGAGCGATTAGCTAATGCGACAGCAAGTGTGAAGAAGTATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAATGGCTTTATCAGATTTAG < 2:315805/135‑1TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAG > 4:36633/1‑141TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTAATACATAAAAATAAGCCACACGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAG > 3:598972/1‑141 ACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGC < 3:437019/141‑1 CCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT > 2:756240/1‑141 CCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT > 3:501247/1‑141 CCACAGATAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT > 2:215986/1‑141 aACAGTTAGAACAGCTATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTG < 2:842482/140‑1 ACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGA < 3:165345/141‑1 ACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGA < 1:560424/141‑1 AGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATT < 2:1180411/141‑1 GTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCCACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGCAAAAGGCTTTATCAGATATAGCTGATTT > 3:505022/1‑141 GTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTT > 1:1211430/1‑141 TTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAGTGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTT > 1:790547/1‑141 TTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTT > 1:1288725/1‑141 TAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTTTTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCT > 2:955038/1‑141 TAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCT > 2:1107673/1‑141 TAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCT > 1:1103789/1‑141 AAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTG < 1:582819/116‑1 AAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTG > 2:582819/1‑116 GCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAG < 4:565100/141‑1 GCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAG < 3:214775/141‑1 CTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGC < 2:487226/141‑1 CTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGC < 2:487233/141‑1 TGATTTTTATTTATTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCT > 4:597107/1‑141 TGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCT > 2:519929/1‑141 GATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTA > 2:1466498/1‑141 ATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTAC < 4:275368/141‑1 TTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACA < 2:774016/141‑1 TTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACAT > 3:182947/1‑141 TTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATC > 1:358612/1‑141 TTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAATTTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCA > 2:1592495/1‑141 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTCGTTAATAGATGTTATAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCAC > 1:1649759/1‑141 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCAC > 2:687900/1‑141 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCAC < 2:503919/141‑1 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCAC < 1:643275/141‑1 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCGAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCAC > 2:1461363/1‑141 TACCACAGTTAGAACAGCGATTAACTAATGCGACAGCAAGTGTGAATAAAAATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2793613‑2793464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCTAACTGTGGTAAGTCATTGCGCACAAAGTTAGCAGCTTTAGCTACATCAC > USA300TCH1516_ALE/2793513‑2793652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |