BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	1026972 =	183 (1.000)	9 (0.050)	7/242	NT	5.1%	intergenic (+13/‑221)	USA300HOU_RS05060/USA300HOU_RS05065	hypothetical protein/Serine protease HtrA‑like protein
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Only 100 of 213 total aligned reads displayed.

TCGCTGTATTGCCTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATA  >  USA300TCH1516_ALE/1026832‑1027112

tCGCTGTATTGCCTGAGTACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCg                                                                                                                                              <  1:1152852/141‑1 (MQ=255)

tCGCTGTATTGCCTGAGCACTTCCCACATGGCGTACTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCg                                                                                                                                              >  1:1445252/1‑141 (MQ=255)

ctaatttgctttaaaatctatataatttctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaag                                                                                                                                              <  2:1524963‑M1/1‑1 (MQ=255)

 taatttgctttaaaatctatataatttctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaagg                                                                                                                                             <  2:214282‑M1/2‑1 (MQ=255)

 taatttgctttaaaatctatataatttctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaagg                                                                                                                                             <  2:1483392‑M1/2‑1 (MQ=255)

 cGCTGTATTGCCTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCgg                                                                                                                                             <  1:1602787/141‑1 (MQ=255)

  gCTGTATTGCCTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGa                                                                                                                                            >  3:412346/1‑141 (MQ=255)

   atttgctttaaaatctatataatttctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaaGGAc                                                                                                                                           >  2:541755‑M1/138‑141 (MQ=255)

   atgtgctttaaaatctatataaataataaaaaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaaGGAc                                                                                                                                           >  2:1292149‑M1/138‑141 (MQ=255)

    tttgctttaaaatctatataatttctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaaGGACa                                                                                                                                          <  1:856782‑M1/5‑1 (MQ=255)

     ttgctttaaaatctatataatttctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaaGGACaa                                                                                                                                         <  2:1581238‑M1/6‑1 (MQ=255)

        ttGCCTGNGCGCTTCCCACATGGCGTATTATGGTAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCt                                                                                                                                      <  2:1244553/141‑1 (MQ=255)

        ttGCCTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCt                                                                                                                                      >  2:284898/1‑141 (MQ=255)

        ttGCCTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCt                                                                                                                                      <  4:243057/141‑1 (MQ=255)

           ccTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGCTGGATAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTaa                                                                                                                                   >  2:144925/1‑141 (MQ=255)

            cTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAAt                                                                                                                                  >  4:180669/1‑141 (MQ=255)

               aGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCTGACAATCTTAATTTa                                                                                                                               >  4:473028/1‑141 (MQ=255)

               aGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTa                                                                                                                               >  3:320701/1‑141 (MQ=255)

                acACTTCCCACATGGAGTATTATGGAAATCTATTTTCTGGACCGTACTAAATGAATTACTAATCATCGGTTGCATAAATTAAATTAAAAAAAAAAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAg                                                                                                                              <  2:414141/140‑1 (MQ=255)

                 cACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGt                                                                                                                             >  3:636817/1‑141 (MQ=255)

                   cTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGttt                                                                                                                           >  1:1581238/1‑141 (MQ=255)

                   cTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGttt                                                                                                                           >  4:478015/1‑141 (MQ=255)

                      cccACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAg                                                                                                                        >  1:734755/1‑141 (MQ=255)

                         acaTGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGtt                                                                                                                     <  4:376656/141‑1 (MQ=255)

                          ttctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaaGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTg                                                                                                                    >  1:1105019‑M1/115‑141 (MQ=255)

                          caTGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTg                                                                                                                    <  4:613584/141‑1 (MQ=255)

                            ctattgaaaaaatgctaaatataaaaggcacattttcttaatactatatcgcatcttttgattcacattcttcaaaatccatttttcataaatcactcaattaaatgaaaaaGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTc                                                                                                                  >  2:1114246‑M1/113‑141 (MQ=255)

                             ggCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTcc                                                                                                                 <  1:657328/141‑1 (MQ=255)

                             ggCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTcc                                                                                                                 >  1:774514/1‑141 (MQ=255)

                             ggCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTcc                                                                                                                 >  2:972495/1‑141 (MQ=255)

                             ggCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTcc                                                                                                                 >  1:234738/1‑141 (MQ=255)

                               cGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCtt                                                                                                               >  2:737451/1‑141 (MQ=255)

                                  attatGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCCTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCttttt                                                                                                            >  2:1592439/1‑141 (MQ=255)

                                          aagcTATTTTCTGGACAGTAATAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAAt                                                                                                    <  2:602221/138‑1 (MQ=255)

                                              tATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAg                                                                                                >  1:368992/1‑141 (MQ=255)

                                               aTTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGt                                                                                               >  2:143362/1‑141 (MQ=255)

                                                ttttCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTg                                                                                              >  2:844213/1‑141 (MQ=255)

                                                ttttCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTg                                                                                              >  1:1181823/1‑141 (MQ=255)

                                                   tCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGAtt                                                                                           <  1:1588926/141‑1 (MQ=255)

                                                      ggACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTAt                                                                                        >  3:613060/1‑141 (MQ=255)

                                                      ggACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCCCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTAt                                                                                        >  4:149031/1‑141 (MQ=255)

                                                         cAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGa                                                                                                                                            >  4:679254/1‑86 (MQ=255)

                                                           gTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAACCTTaaac                                                                                                                                 <  2:1342096/95‑3 (MQ=255)

                                                           gTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAACCTTaaac                                                                                                                                 >  1:1342096/1‑93 (MQ=255)

                                                             aCTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAAt                                                                                 <  1:436082/141‑1 (MQ=255)

                                                                   tGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGAttt                                                                           <  3:576336/141‑1 (MQ=255)

                                                                    ggATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGAtttt                                                                          <  4:435849/141‑1 (MQ=255)

                                                                    ggATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGAtttt                                                                          <  2:560468/141‑1 (MQ=255)

                                                                     gATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGAtttt                                                                          <  1:45723/140‑1 (MQ=255)

                                                                     gATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGAtttt                                                                          >  2:45723/1‑140 (MQ=255)

                                                                      aatAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGGTATTAAAAAAAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAAATTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTga                                                                        <  2:161035/139‑1 (MQ=255)

                                                                      aTTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTAAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTga                                                                        <  4:371273/141‑1 (MQ=255)

                                                                          gTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTTTTTTTTTTTTGTGATTTATGAAAAATGGATTTTgaagat                                                                    >  4:62605/1‑140 (MQ=255)

                                                                           tAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAAt                                                                   >  1:724067/1‑141 (MQ=255)

                                                                              ttATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAAtgtg                                                                >  2:1640360/1‑141 (MQ=255)

                                                                              ttATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAAtgtg                                                                <  1:76016/141‑1 (MQ=255)

                                                                                 tCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATACATAATTGATGTGAAGCGGACAATCGTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAAt                                                             >  1:1426661/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                 tCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAAt                                                             <  2:1158665/141‑1 (MQ=255)

                                                                                 tCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTCTAAGGTTGTCATTTTTACTTTCATTGCGTGATCTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAAt                                                             >  1:985330/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  cGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATc                                                            <  1:284898/141‑1 (MQ=255)

                                                                                  cGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATGTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATc                                                            >  1:1133346/1‑141 (MQ=255)

                                                                                   ggttggttAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCt                                                                                                                                      >  1:1291455/1‑66 (MQ=255)

                                                                                   ggttggttAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCa                                                           >  2:1046267/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    gttggttAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGATTGTGAATCaa                                                          >  2:1306148/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         ttAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGAt                                                     >  2:1014072/1‑141 (MQ=255)

                                                                                             gTTCAGTTGTTAAAACTCGTGAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGa                                                 <  3:180669/141‑1 (MQ=255)

                                                                                             gTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGa                                                 >  4:100199/1‑141 (MQ=255)

                                                                                             gTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGa                                                 <  1:1023844/141‑1 (MQ=255)

                                                                                             gTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGa                                                 >  1:964288/1‑141 (MQ=255)

                                                                                               tCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCCTCATGTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGata                                               <  3:329936/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  gttgttAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAg                                            >  2:1621953/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                    tgttAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATGTAGTGTTTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTa                                          >  3:136884/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     gttAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTAt                                         >  1:588600/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                      ttAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTAtt                                        >  4:603714/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                        aaaaataaaaaATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTaa                                      <  1:1274863/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                           aataaaaaATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGaa                                   >  1:1484704/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                            ataaaaaATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGaaa                                  <  4:300051/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                            ataaaaaATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTAAAGGTTGTTCTTTGGCACTGAATTGAGGGACGGAGGAAAAAGGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGGATTAAGaaa                                  >  1:328289/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                aaaaTCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAAtgt                              <  1:996523/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 aaaTCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTTATTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAAtgtg                             >  4:23268/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   aTCGCATAAATAATTGATGTGGAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGcc                           <  2:1570974/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   aTCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGcc                           >  2:943248/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   aTCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGcc                           <  2:368992/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      gCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCttt                        <  2:205568/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      gCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCttt                        >  3:476433/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                            ataatTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATAtt                  <  2:1460218/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              aatTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTa                <  1:422141/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                               attaaatgaaaaaGGACAACCTTAAACTAAATTAAGATTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTa                                       >  3:374226‑M1/14‑117 (MQ=255)

                                                                                                                                ttGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGc              <  1:1072203/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                 tGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCa             <  2:774514/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   aTGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCAtt           <  1:890640/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   aTGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCAtt           <  2:405333/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                    tgtgAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTga                                                                        >  1:121184/1‑79 (MQ=255)

                                                                                                                                      tgAAGCTGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCAttttt        <  2:344649/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      tgAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCAttttt        >  1:174205/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      tgAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCAttttt        >  1:268380/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      tgAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCAttttt        <  2:882919/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                           cGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAAt   <  2:1286698/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                            GGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATa  <  3:102527‑M1/141‑1 (MQ=255)

TCGCTGTATTGCCTGAGCACTTCCCACATGGCGTATTATGGCAATCTATTTTCTGGACAGTACTAATTGGATTAGTAATTATCGGTTGGTTAGGTTCAGTTGTTAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATA  >  USA300TCH1516_ALE/1026832‑1027112

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.