| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 1525239 = | 130 (0.780) | intergenic (‑312/+10) | asnS/dinG_1 | Asparagine‑‑tRNA ligase/putative ATP‑dependent helicase DinG | |||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
ACATTAATTTATATTAAGACAATACAATCATCAGTTTCAGACAAAATATATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCCTTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGT > USA300TCH1516_ALE/1525052‑1525332 | aCATTAATTTATATTAAGACAATACAATCATCAGTTTCAGACAAAATATATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCATGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACcaaacaa < 1:1198572/141‑1 (MQ=255) gatgatcgactcataaacagtaattataaaaacttttttgaacaaacacttgaaaattatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtaa > 1:1591692‑M1/140‑141 (MQ=255) cATTAATTTATATTAAGACAATACAATCATCAGTTTCAGACAAAATATATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACcaaacaaa < 2:1382143/141‑1 (MQ=255) ttAATTTATATTAAGACAATACAATCATCAGTTTCAGACAAAATATATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACaaaaa < 3:257881/141‑1 (MQ=255) tgatcgactcataaacagtaattataaaaacttttttgaacaaacacttgaaaattatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtaaaa > 1:554075‑M1/138‑141 (MQ=255) tttATATTAAGACAATACAATCATCAGTTTCAGACAAAATATATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCt > 4:371431/1‑141 (MQ=255) tttATATTAAGACAATACAATCATCAGTTTCAGACAAAATATATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCt < 2:1398225/141‑1 (MQ=255) tttATATTAAGACAATACAATCATCAGTTTCAGACAAAATATATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCt < 1:1558054/141‑1 (MQ=255) cgactcataaacagtaattataaaaacttttttttttaatctcttgaaaaatatcgtcagaaaaaaagcgacattcaacagtttggaaaatcattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtAAaattat < 2:364453‑M1/8‑3 (MQ=255) cgactcataaacagtaattataaaaacttttttgaacaaacacttgcaaattatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtAAAATTCt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |