| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2062972 | 139 (0.760) | 17 (0.100) | 10/226 | NT | 12.2% | intergenic (+53/+137) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2062986 | 122 (0.750) | intergenic (+67/+123) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS | |||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTAT > USA300TCH1516_ALE/2062832‑2063112 | ttCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT > 1:1487087‑M1/1‑141 (MQ=255)ttCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATATTAGAAACATTAGCTTTCAACGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT < 3:600905‑M1/141‑1 (MQ=255) cTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTa > 3:172744/1‑141 (MQ=255) cTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTa > 1:308131/1‑141 (MQ=255) gCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTaaa > 2:872484/1‑141 (MQ=255) gCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTaaa > 3:508040/1‑141 (MQ=255) aaTTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAAt > 4:436253/1‑141 (MQ=255) aTTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATa < 2:719499/141‑1 (MQ=255) aTTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATa > 4:322777/1‑141 (MQ=255) ttACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAg < 1:681972/141‑1 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agaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAATTGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcgttggt < 2:205067‑M2/141‑10 (MQ=255) gaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt > 3:53011‑M2/1‑131 (MQ=255) gaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt < 1:1207854‑M2/141‑11 (MQ=255) gaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt > 1:969342‑M2/1‑131 (MQ=255) aagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttga < 4:378423‑M2/141‑13 (MQ=255) aagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATAAAAATAGGAATCCatccttggttga 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1:586538/1‑141 (MQ=255) aTTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCa < 3:396627/141‑1 (MQ=255) tAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCt > 4:583522/1‑141 (MQ=255) tAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATAAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCt > 1:1424192/1‑141 (MQ=255) aGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGcag > 1:836300/1‑139 (MQ=255) taaaataaaGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTAtttt < 3:659057/141‑1 (MQ=255) 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2:611489‑M1/141‑130 (MQ=255) tCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCt < 1:875300/141‑1 (MQ=255) aaCCAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcatttctactttgaaatctaaggtttctaaaatagcaatgactttc > 3:630310‑M1/1‑10 (MQ=255) aaCCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCCGTTGTTTGTATTGTTTTTAAACGACGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCCATTCCTAATGTCACCTTCTATCATCCGTTCTAATCTGc > 1:1319280/1‑141 (MQ=255) aCCAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcatttctactttgaaatctaaggtttctaaaatagcaatgactttct > 2:968575‑M1/1‑9 (MQ=255) cAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcatttctactttgaaatctaaggtttctaaaatagcaatgactttcttt < 1:1016692‑M1/141‑135 (MQ=255) 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tggattcctattttaatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcatttctactttgaaatctaaggtttctaaaatagcaatgactttctttatatcg > 2:1304698‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTAT > USA300TCH1516_ALE/2062832‑2063112 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |