| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2726829 | 220 (1.200) | 3 (0.020) | 3/244 | NT | 1.5% | intergenic (‑256/+86) | USA300HOU_RS14030/USA300HOU_RS14035 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2726876 | 189 (1.080) | intergenic (‑303/+39) | USA300HOU_RS14030/USA300HOU_RS14035 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TATCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGG > USA300TCH1516_ALE/2726689‑2726969 | tATCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACA > 2:1465690‑M1/1‑141 (MQ=255)tATCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACA < 1:1651280‑M1/141‑1 (MQ=255)tATCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACA < 1:1328182‑M1/141‑1 (MQ=255) tCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACaaa > 1:1025234/1‑141 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tATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGa > 1:62628/1‑141 (MQ=255) cTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTg < 1:427508/141‑1 (MQ=255) aTTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCg < 1:1440802/141‑1 (MQ=255) aTTTAATTGAAAAAAAAGTTAAAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTATTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAAAAATAAAAACGCAAACAAATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCg < 2:583845/141‑1 (MQ=255) tATTGAACAAAAAGTTATAAATTCACTTTTATTGTAACTCAAACTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTCCCATCAATAAAAACGCACAAGTATTTGTATTGAGGCAGCTCTATCGcacc < 4:440216/141‑4 (MQ=255) tATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAACATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTtc < 1:454590/141‑1 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(MQ=255) cGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTAt < 2:769011/141‑1 (MQ=255) gCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATc > 4:304751/1‑141 (MQ=255) gCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATc < 2:1599949/141‑1 (MQ=255) cacaAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCa > 1:1601850/1‑141 (MQ=255) cacaAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATAGCTTCTCAATGGAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCa > 1:880830/1‑141 (MQ=255) acagatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgattt < 2:1545952‑M1/141‑139 (MQ=255) cagatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttt < 1:1279233‑M1/141‑140 (MQ=255) cagatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttt < 1:788324‑M1/141‑140 (MQ=255) agatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttta > 3:452234‑M1/1‑1 (MQ=255) aaaTATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACgg < 2:1279233/141‑1 (MQ=255) | TATCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGG > USA300TCH1516_ALE/2726689‑2726969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |