| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2726829 | 220 (1.200) | 3 (0.020) | 3/244 | NT | 1.5% | intergenic (‑256/+86) | USA300HOU_RS14030/USA300HOU_RS14035 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2726876 | 189 (1.080) | intergenic (‑303/+39) | USA300HOU_RS14030/USA300HOU_RS14035 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCAATAAATATAAACG > USA300TCH1516_ALE/2726736‑2727016 | tAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCt < 1:1367105‑M2/141‑2 (MQ=255) aaaaTCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCtg > 1:165036‑M2/1‑139 (MQ=255) aTCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCtgtgc > 2:1208768‑M2/1‑136 (MQ=255) aTCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCtgtgc > 2:344633‑M2/1‑136 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(MQ=255) aGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTc < 3:433322/141‑1 (MQ=255) cTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATATCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCaa < 1:920146/141‑1 (MQ=255) tCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAAt > 2:930887/1‑141 (MQ=255) tCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAAt > 3:185369/1‑141 (MQ=255) ttCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGAc < 3:61339/141‑1 (MQ=255) tctcATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGAcc < 1:39829/141‑1 (MQ=255) cATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATc < 4:193713/141‑1 (MQ=255) aaaaTATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCaataaat < 1:570442/141‑1 (MQ=255) aaaTATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCaataaata < 2:886541/141‑1 (MQ=255) aaTATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCAATAAatat > 1:355490/1‑141 (MQ=255) aaTATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCAATAAatat > 4:700976/1‑141 (MQ=255) atatCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTAt > 3:244478/1‑57 (MQ=255) tatCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCAATAAATATaa < 2:563006/141‑1 (MQ=255) tatCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCAATAAATATaa < 1:1317967/141‑1 (MQ=255) cTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCAATAAATATAAACg > 2:316856/1‑141 (MQ=255) | ATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGGTACATCTCACCAAATTTCAATAAATGGACCATCAATAAATATAAACG > USA300TCH1516_ALE/2726736‑2727016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |