| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 2716816 = | 168 (1.010) | intergenic (+124/+26) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGCTTCTTTCACTTTA > USA300TCH1516_ALE/2716676‑2716956 | atatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttat < 2:588657/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCCTGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttatt < 2:1426245/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttatt < 2:1038475/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttatt < 2:1606656/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttatt < 1:1522052/141‑1 (MQ=255) atTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttattt < 2:940006/141‑1 (MQ=255) cAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTtatttatt > 3:57374/1‑141 (MQ=255) aaaaTTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTc < 1:231320/141‑1 (MQ=255) aTTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCttt < 2:249919/141‑1 (MQ=255) aTTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCttt > 4:584140/1‑141 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cATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCa < 2:870468/141‑1 (MQ=255) tctcTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCAcc < 3:147158/141‑1 (MQ=255) tctGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCg < 4:167785/141‑1 (MQ=255) tctGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCg < 3:382900/141‑1 (MQ=255) ctGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGc < 1:425131/141‑1 (MQ=255) tGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGct < 2:522900/141‑1 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USA300TCH1516_ALE/2716676‑2716956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |