| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_012417 | = 1001 | 510 (0.920) | intergenic (+13/+2) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 550 total aligned reads displayed.
ACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTA > NC_012417/869‑1124 | cGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGGAAGTTATGAATATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGACAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑gtg < 2:166937/129‑1 (MQ=255) atatCGAAGATGGTAATTTGATTAATCCAAGTGTTGTAGCTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACAAGAAATTACCGACATTTGCCATTTCAAAACGCAAAATTATTATCTAAGACATTA‑GTGtt > 2:37957/4‑129 (MQ=14) tGTCGAAGATGTTAATTTGATTAATGCAAGTGATTAAGATAAAACAACATATTAATTAGAAATAGCATATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTg < 1:104342/129‑1 (MQ=14) gTCGAAGATGGTAATTGGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTGa < 2:121733/129‑1 (MQ=255) tCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGAACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTGAc > 1:78466/1‑129 (MQ=255) cGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTGACt > 1:60188/1‑129 (MQ=255) cGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAAACACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTGACt > 1:112017/1‑129 (MQ=255) gAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTGACTa < 1:135119/129‑1 (MQ=255) gAAGAGAGTAATTTGATTAAACAATTTGTTGTAGAGAAAATAACAGACGAAGAAGAAAAAACACATTCAATTACCAGAATTTGGAATTTCGAATAGCAAATTTATTTTTTAAGACATTA‑GTGTTGACTa < 2:1412/129‑1 (MQ=255) aaGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATAA‑GTGTTGACTaa > 2:150320/1‑129 (MQ=255) 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ACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTA‑GTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTA > NC_012417/869‑1124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |