| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_012417 | = 1001 | 510 (0.920) | intergenic (+13/+2) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 561 total aligned reads displayed.
TGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCT > NC_012417/873‑1129 | tGTCGAAGATGTTAATTTGATTAATGCAAGTGATTAAGATAAAACAACATATTAATTAGAAATAGCATATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTg < 1:104342/129‑1 (MQ=14) tCGAATATAGTAATTTGATTAATGAAACAAATTAATATAAAAAAACAGACTAAGAAGAAAAAGCACATTCGATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAATACATTAGTGTTGAc < 2:2191/129‑1 (MQ=14) cGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAAACACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACt > 1:112017/1‑129 (MQ=255) gAAGAGAGTAATTTGATTAAACAATTTGTTGTAGAGAAAATAACAGACGAAGAAGAAAAAACACATTCAATTACCAGAATTTGGAATTTCGAATAGCAAATTTATTTTTTAAGACATTAGTGTTGACTa < 2:1412/129‑1 (MQ=255) 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ttAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGa < 2:110613/129‑1 (MQ=255) ttAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGa < 1:74513/129‑1 (MQ=255) aTGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAATGCATAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt < 1:214741/129‑1 (MQ=255) gCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:17385/129‑1 (MQ=255) attgatgaAGTTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtat < 2:12420/127‑1 (MQ=255) gTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACTGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAATTTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTGTTTGTTGATTTTTtata < 1:10011/129‑1 (MQ=255) gTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:76900/1‑129 (MQ=255) gTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 2:28994/1‑129 (MQ=255) gatgaAGATAAAACAACAGAGGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaa < 2:24917/129‑1 (MQ=255) atgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaaa > 2:226296/1‑129 (MQ=255) ataTAAAACAATAGATGAAGAAGAAAAAGAACATTCAATTACCGCAATTTTGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTTTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGt < 2:208550/127‑1 (MQ=18) aGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAATACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGt < 1:14995/129‑1 (MQ=255) 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caacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATCTCTTTTTTGTTGACTTTTTATAACAAATTACTGTCtt > 2:177975/1‑129 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGtattat > 1:170311/1‑129 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTTACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAtt < 1:188997/129‑1 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGATATTAGTGTTTACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAtttt < 1:154347/129‑1 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGTTTAATGTTTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAtttt < 1:45879/129‑1 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTAGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAtttt < 1:205625/129‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |