| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1989774 | 335 (0.920) | 4 (0.010) | 3/240 | NT | 1.2% | coding (478/1128 nt) | queG | Epoxyqueuosine reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1989799 | 342 (1.020) | coding (453/1128 nt) | queG | Epoxyqueuosine reductase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1989626‑1989774‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttaggattTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGATCGTT < USA300TCH1516_ALE/1989799‑1989660 AATTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGT < 1:1620645/141‑1AATTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGT < 1:2106642/141‑1AATTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGATCAAAAGATATACTGACTAACATTTCACCAAGGTAGGTCCATGTTCCTAGc > 2:169299/1‑140 ATTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTT < 2:257218/141‑1 ATTGGCCATTTCCAACTAATGCAATTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGGTATCTAATAATGAATCATCAGATTCAAAAGGAATACTGACTAACATTTCACCTAGGTATGTCCATGTTACTAGTT > 2:3512697/1‑141 ATTGGCCATTTCCAACTAACCCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTT < 2:3289922/141‑1 TTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGGCTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTT < 1:2176057/141‑1 TTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTT > 1:130477/1‑141 TTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTT < 1:2598543/141‑1 TTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTT < 1:706223/141‑1 TTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTT < 1:3174369/141‑1 TTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTT < 1:47713/141‑1 TTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTT < 1:3748071/141‑1 TGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTA < 1:924324/141‑1 GGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAG > 1:2496741/1‑141 GGCCATGTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAG < 2:2583714/141‑1 GCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGG < 2:3490119/141‑1 CCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACCGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAtgt > 1:2378804/1‑138 CCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTCGGA > 2:3425736/1‑141 CCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGA > 2:1647837/1‑141 ATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATT < 2:2518278/141‑1 ATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAACTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATT < 1:3438288/141‑1 GATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATC < 1:2858159/141‑1 TCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCT < 2:1688629/141‑1 CTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAATCAGTAAAAATTTGGAACCTGGTGAT > 2:2851683/1‑141 CTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTACATGTTCCTAGTTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATACTAAACTAGGAACATGGACATACCTCTGTGAAATGTTAACCAGTATAATGATTGAACCTGATGAc > 2:4020232/1‑140 tggTTAGGGTTTGTTCGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGTACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGATCCTGATTATTCATTATTAGATAGCTGGGGTGATTGTACAATTTGT < 2:51658/138‑1 GTTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTCGCAACTTGGATATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTG < 2:3132952/141‑1 GTTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTG < 2:1345951/141‑1 GTTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAAGCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTG < 2:3220190/141‑1 TTTAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGT < 1:234336/141‑1 TAGGATTTGTTGGTCGTAATTGCCTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTG < 1:344680/141‑1 TAGGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGCATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTAGTAGATAGCGGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTG > 1:2212194/1‑141 TAGGATGTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATTCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTG < 2:526348/141‑1 GGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGAT > 2:1141868/1‑141 GGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGAT > 1:764727/1‑141 GGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGAT > 1:533129/1‑141 GGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGAT > 1:4163423/1‑141 GGATTTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGAT > 1:3169750/1‑141 TTTGTGGGTGGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGATCGT < 2:3188569/141‑1 TTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGATCGTT > 1:2671878/1‑141 TTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGATCGTT > 1:1753257/1‑141 AATTGGCCATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1989626‑1989774‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttaggattTGTTGGTCGTAATGGCTTTGTCATCAATCCTAAACTAGGAACATGGACATACCTCGGTGAAATGTTAGTCAGTATACCTTTTGAACCTGATGATCCATTATTAGATAGCTGTGGTGATTGTACAATTTGTGTTGATCGTT < USA300TCH1516_ALE/1989799‑1989660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |