New junction evidence | |||||||||||
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Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 420 total aligned reads displayed.
ATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACATGTCTA > USA300TCH1516_ALE/1989634‑1989914 | aTTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAACTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATT < 1:3438288‑M1/141‑1 (MQ=255) tCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAATAGTTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATtgat > 1:1019029/1‑141 (MQ=255) tCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATtgat < 2:2968771/141‑1 (MQ=255) ccAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATtgatg < 1:3311845/141‑1 (MQ=255) ccAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATtgatg < 2:3928985/141‑1 (MQ=255) ccAACGAATTCATTTTTTGTACAACGATCAACACAAATTGTATAATCCCAGCAATTAGTTAATAATGGATAATCAGGTTCAAAAGGTATACTCTCTAACATTTCACCTAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATtgatg < 2:4054265/141‑1 (MQ=255) cAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATtgataa > 1:2366652/1‑139 (MQ=255) cAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATCGTACAATCACCACAGATATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGATATACTCACTAACATTTCACCGAGGTATCTCCCTGTTCCTAGTTTATGATtcatga > 2:844257/1‑141 (MQ=255) aaCTAATGCACTTGTTTGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGAc < 2:2070673/141‑1 (MQ=255) aaCTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGAc < 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aTCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAaatcc > 1:764727‑M2/1‑136 (MQ=255) tCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTtgttggtcgtaatggctttgtcatcaatcct < 2:1688629‑M1/141‑32 (MQ=255) cacaAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAaatcctaaac < 2:1345951‑M2/141‑11 (MQ=255) cacaAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATATCCAAGTTGCGAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAaatcctaaac < 2:3132952‑M2/141‑11 (MQ=255) acaAATTGTACAATCACCACAGGTAGCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAAcc < 2:702416/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTg > 1:3137979/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTg < 2:1117506/141‑1 (MQ=255) aaTTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGc < 1:3875332/141‑1 (MQ=255) aTTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGcc > 1:4385846/1‑140 (MQ=255) tGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGAATTGATGACAAAACCATTACGACCAACAAATCCTAAACCCGCAca > 2:3368720/1‑140 (MQ=255) tACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGtt < 2:3549224/141‑1 (MQ=255) 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cATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATa > 1:2481291/1‑141 (MQ=255) gTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAAt < 1:939817/141‑1 (MQ=255) tCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTTCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGc < 2:2302890/141‑1 (MQ=255) tCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGc > 1:3678800/1‑141 (MQ=255) cTAGTTTAGTATTGATGACAAAGCGAGTACGACCAACAAATCCTATACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAg < 2:2865961/141‑1 (MQ=255) cTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAg < 1:4165536/141‑1 (MQ=255) tggattAGGAGTGAAGGAAGAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGc < 2:2378804/137‑1 (MQ=255) tggttaggGTTtgttcgtcgtaatggctttgtcatcaatcctaaactaggaacatgtacatacctcggtgaaatgttagtcagtataccttttgatcctgattattcattattagatagctggggtgattgtacaatttgt < 2:51658‑M1/138‑131 (MQ=255) actttAGGATTGATGACACTGCCATTACGACTAACAAATCCTAACCCTGCACGTTCAGCTATTG‑GCGTATCTTATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCt < 2:3820275/139‑1 (MQ=255) tAGGATTtgttggtcgtaatggctttgtcatcaatcctaaactaggaacatggacatacctcggtgaaatgttagtcagcataccttttgaacctgatgatccattagtagatagcggtggtgattgtacaatttgtgttg > 1:2212194‑M1/1‑7 (MQ=255) tAGGATTGATGACAAAGCCATTACGCCCACCAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACa < 1:304393/141‑1 (MQ=255) ggATTGATGACAACGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACATg < 1:2686097/141‑1 (MQ=255) ggATTGATGACAAATCCATTACCACCAACAAATCCTAAGCCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACATg < 2:3652109/141‑1 (MQ=255) ggATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAGCCTGCACGTTCTGCTAATGAAAATAGC‑CTGAATGCACACGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACATg < 1:3230354/141‑1 (MQ=255) ggATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCACTAAATGCAGCTAACATg > 2:4225984/1‑141 (MQ=255) gATTGGTGACAAAGCCATTACGACCAACAAACCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTCCTATTCATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACATGt < 1:637574/141‑1 (MQ=255) ttgttggtcgtaatggctttgtcatcaatcctaaactaggaacatggacatacctcggtgaaatgttagtcagtataccttttgaacctgatgatccattattagatagctgtggtgattgtacaatttgtgttgatcgtt > 1:1753257‑M1/1‑1 (MQ=255) tgatgaCAAAGCCATTTCGACCAACAAATCCTAACCCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCTTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACATGTCTa < 2:1629137/141‑1 (MQ=255) tgatgaCAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTAAATAAATGCAGCTAACATGTCTa > 1:592539/1‑141 (MQ=255) | ATTTCCAACTAATGCACTTGTTGGACAACGATCAACACAAATTGTACAATCACCACAGCTATCTAATAATGGATCATCAGGTTCAAAAGGTATACTGACTAACATTTCACCGAGGTATGTCCATGTTCCTAGTTTAGGATTGATGACAAAGCCATTACGACCAACAAATCCTAAACCTGCACGTTCTGCTACTG‑CCCTATCTGATAATACACCCGTATCTACCATAGATTTGATTTCAACATCTGGAACTTTAGATTCAATAAATGCAGCTAACATGTCTA > USA300TCH1516_ALE/1989634‑1989914 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |