New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 289 (0.900) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2525435‑2525589 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgaccgatatatTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGGCATCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGTGATT < USA300TCH1516_ALE/2525624‑2525485 CAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAA < 2:2982704/141‑1 CAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAA > 1:3847989/1‑141 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TATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATGTGCATGACTACAGGCACCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGT < 1:2319028/141‑1 TATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGGCATCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGT > 1:2504442/1‑141 TATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGGCATCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGT < 2:1767677/141‑1 ATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGGCATCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGTG < 2:322339/141‑1 ATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGACATCAGGGAATTGCCTGATTTTATATTATAATGga > 2:4181987/1‑139 ATATTAATGATTGCTCAAATAACTGATGAGCAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGCATATGCATGACTACATGCATGAGGGAATTCACTGATTTTCCAGTATCATGTc > 2:4317043/1‑140 ATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGGCATCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGTGAT < 2:2632712/141‑1 TTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGGCATCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGTGATT > 2:2266943/1‑141 CAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2525435‑2525589 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgaccgatatatTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATGCATGACTACAGGCATCAGGGAATTCCCTGATTTTACATTATAATGTGATT < USA300TCH1516_ALE/2525624‑2525485 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |