| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 316 (0.870) | 6 (0.020) | 4/230 | NT | 2.1% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 289 (0.900) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
AATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATA > USA300TCH1516_ALE/2525485‑2525764 | aagcacaTTAGAATATAAAATCACGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCGTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTaa < 1:3511407/138‑1 (MQ=255) aTCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAat < 2:2632712‑M2/141‑3 (MQ=255) cacaTTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAGCGTTTATTTGAGCAAGCATTAatat < 1:1762614‑M2/141‑5 (MQ=255) cacaTTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat < 2:322339‑M2/141‑5 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tataATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg > 2:3580771‑M2/1‑132 (MQ=255) taATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtc > 1:1037591‑M2/1‑130 (MQ=255) aaTGTAAAATCAGGTAATTACCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg > 2:2086547‑M2/1‑129 (MQ=255) aaTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTGTCGGTTTTCCCAAAATGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg > 1:4176585‑M2/1‑129 (MQ=255) aaTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAACAGCGACCGATATCTGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgttcg < 1:1841843‑M2/141‑13 (MQ=255) aaTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg > 1:4070824‑M2/1‑129 (MQ=255) aaTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg > 1:3941218‑M2/1‑129 (MQ=255) ctgTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgc > 1:3035838‑M2/2‑128 (MQ=255) aTGTAAAGTCATGGAATTCCCTGAAGCATGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgc > 2:2151465‑M2/1‑128 (MQ=255) aTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGCGCAAGCATTAatatatcggtcgc > 1:910205‑M2/1‑128 (MQ=255) aTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgc 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2:4290549/1‑139 (MQ=255) tatttGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTCTATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCAttt > 2:116953/1‑141 (MQ=255) atttGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCCTCATCAtttt > 2:2377045/1‑141 (MQ=255) ttGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCa > 1:2711030/1‑141 (MQ=255) tatcaagcaTTAATATATCGGTTGTTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATg < 2:3877585/138‑1 (MQ=255) gAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATg > 1:3712007/1‑141 (MQ=255) agcaagcaTTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGt > 2:4418840/1‑141 (MQ=255) gcaagcaTTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCCTCATCATTTTCACGtt > 2:3057170/1‑141 (MQ=255) gaatcaTTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCGTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCTTGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTc < 2:744539/137‑1 (MQ=255) gggattaatatataagtcgcttgtattgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacaggcatcagggaattccatgattttacattataatgtgattcttttcacaaaaacaaaatgatttggtat > 2:3671729‑M2/4‑7 (MQ=255) agcaTTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGc > 1:4342006/1‑141 (MQ=255) gcaTTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCt > 2:1333638/1‑141 (MQ=255) agtaacatatcgtgcgattattttgatttaaaaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacaggcatcagggaattccctgattttacattataatgtgattcttttcacaaaaacaaaatgatttggtataca > 2:2957415‑M2/3‑4 (MQ=255) ttAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCCATACTTTGCGCATGATCACACCTGATTTTCCATCATCATTCTCATGTTCGCTGtc > 2:709311/1‑140 (MQ=255) ttAAGATATCGGTAGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAACTGGTGGTTGGCCTAATGTTATTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCACAACTTTGCGAATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTCTCATGCTCGCTGta > 2:3707653/1‑141 (MQ=255) | AATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACCTAAATCGCCATCATCATTTTCATGTTCGCTGTATA > USA300TCH1516_ALE/2525485‑2525764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |