| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 289 (0.900) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 471 total aligned reads displayed.
TATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACC > USA300TCH1516_ALE/2525450‑2525729 | tATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATg < 1:1307731/141‑1 (MQ=255)tATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGACATGCATATTCCTTCTACATTTTAGAATGGTGTTAAATCTAAAAAAGCGCCCGATATATg > 1:817250/1‑141 (MQ=255) ataaaaaaTCATTTAGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTACCTGATGCCTCCAGTCAAGCATATTTCTTAGACATTTTCCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATccc < 2:751521/136‑1 (MQ=255) ataCCAAATCATGTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTGGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATccc > 1:907713/1‑141 (MQ=255) aaacaaaaTCAATATGATGTTGTGAAAAGAAACACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTAAAAGCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATccc < 2:1706096/136‑1 (MQ=255) cAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACt < 1:4318405/141‑1 (MQ=255) cATTTTGTGTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACa < 1:2263960/141‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACat > 1:1768388/1‑141 (MQ=255) ttttgtgtttgtGAAAAGAATCACATTATAATAGAAAATTAGTGAATACAGCGGTGTGTTTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACatt < 2:3804147/141‑1 (MQ=255) ggtgAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagc < 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tataATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg < 1:4140507‑M2/141‑10 (MQ=255) ataATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggt < 2:3018445‑M2/141‑11 (MQ=255) aaTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg > 2:3053846‑M2/1‑129 (MQ=255) aaTGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg > 2:49069‑M2/1‑129 (MQ=255) aTGGAAAATCAGGTAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgc > 1:105791‑M2/1‑128 (MQ=255) tGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgct > 2:3689219‑M2/1‑127 (MQ=255) tGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgatggct < 1:1853123‑M2/141‑15 (MQ=255) aaaTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTa > 2:828305/1‑141 (MQ=255) aaTCAGGGAATGCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGTTCGCTTGTAg > 2:2477668/1‑141 (MQ=255) cAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtgt < 1:3497502/141‑1 (MQ=255) ttCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTTTTATTTTTTTATTGATAACCTATATATGCATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTTATATATCGGTCGCTTGTATTGTAttttat > 2:2432822/1‑141 (MQ=255) 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1:3605312‑M1/1‑13 (MQ=255) gCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacaggcatcagggaattccctgagtttactt > 1:3391302‑M1/1‑13 (MQ=255) gCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacagaaatcagggaattccctgattttacat < 2:225986‑M2/141‑94 (MQ=255) gCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTCGTGTATATTACCATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTgcg > 1:2087390/1‑141 (MQ=255) gCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTgcg > 1:1681663/1‑141 (MQ=255) cGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtatacggaatatgcatgactacagacatcagcgcattccctacttttacatt > 2:107490‑M1/1‑12 (MQ=255) cGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacaggcatcaggtaattacctgattttacatt > 2:2086547‑M1/1‑12 (MQ=255) gACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacaggcatcagggaattccctgattttacatta > 1:1037591‑M1/1‑11 (MQ=255) aCCGATATATtaatgcttggtcaaataaatgttgagtatggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacaggcatcagggaattccctgattttacattat < 1:4264728‑M1/141‑132 (MQ=255) aCCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCAt < 1:2668954/141‑1 (MQ=255) aCCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCAt < 2:1024228/141‑1 (MQ=255) ccGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATg > 1:2587205/1‑141 (MQ=255) atattaatgcttgctcaaataaacgctgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgactacaggcatcagggaattccctgattttacattataatgtg < 1:1762614‑M1/141‑138 (MQ=255) tGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACAcc < 2:3617473/141‑1 (MQ=255) | TATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTGCGCATGATCACACC > USA300TCH1516_ALE/2525450‑2525729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |