| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2601406 = | 429 (1.180) | 4 (0.010) | 5/236 | NT | 1.1% | intergenic (‑818/+49) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2601436 = | 334 (1.010) | intergenic (‑848/+19) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAAAATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2601557‑2601406‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtacaaagctttAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTCT > USA300TCH1516_ALE/2601436‑2601575 AAAAAATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑G > 1:602981/1‑141 AAAAATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTCGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GT > 1:158411/1‑141 AAAAATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCCTTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GT > 2:1991226/1‑141 AAAATAAAATAATAATTGGATTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTA < 2:663478/141‑1 AAATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTAC < 1:4051395/141‑1 AAATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTACCTGAATTACAACTATTAGCAAACGAACTAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTATTATTTAAATTTTTAAAGCTTCGTACGACATT‑GTAC > 2:3574695/1‑141 AATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACA < 2:4301305/141‑1 ATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAA < 1:3789579/141‑1 ATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATCACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAA < 2:3699053/141‑1 AAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTGCAAAG > 1:3916344/1‑141 AAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAG > 1:1328777/1‑141 AAAATAATAATTGGCTTTACTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAG < 2:3532708/141‑1 AAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGGTATGGCTAGTTCATTAAAACAATAATATTTTTATTTAAATTTTTAAAACTTTGTACTAAATT‑GTACAAAGt > 2:3247253/1‑140 AAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTATTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGC > 2:517794/1‑141 AAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGC > 1:465671/1‑141 AAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGC > 1:4288492/1‑141 AATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGCT > 1:18289/1‑141 AATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTAC‑AATTTCGTACAAAGCT < 1:715917/141‑1 AATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCCGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTGTTAGTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACAATTTC‑GTACAAAGCT < 1:2944539/141‑1 ATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGACATT‑GTACAAAGCTT > 1:755742/1‑141 ATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGCTT < 2:1819187/141‑1 TAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGCTTT > 2:3640758/1‑141 TAATAATTGGCTTTGATAATAATGACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGCTTT < 2:4215869/141‑1 CTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACAATTTC‑GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTG > 2:2497891/1‑141 CCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACAATTTC‑TTACAAATCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTT > 2:105985/1‑141 ACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACAATTTC‑GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATT < 1:134820/141‑1 CAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACAATTTC‑GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAG < 1:2497891/141‑1 tcgtattAAGATTTAAAAATTTAAATATATATATCATTGTTTTAATGAACTAGTAATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAA < 2:2253475/134‑1 GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGTGAAGTAATTATTACCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAATCG > 2:1897557/1‑141 GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACG > 1:2794326/1‑141 GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACG > 1:4268689/1‑141 GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACG > 1:3351708/1‑141 GTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATAGCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACG < 2:397417/141‑1 TACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGT > 2:1424509/1‑141 ACAAAGCTTTAAAAATTTATATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTGTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTG < 1:2263471/141‑1 ACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTG > 1:1631648/1‑141 ACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTG > 1:2656098/1‑141 ACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTG < 1:300657/141‑1 CAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCTTTGTTTGATTGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGT < 1:1877349/141‑1 CAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGT > 1:494678/1‑141 CAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGT < 1:3322040/141‑1 CAAAGCCTTAAACATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATCTCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGT < 1:4142360/141‑1 AAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTT > 2:141690/1‑141 AAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTA > 1:4026159/1‑141 AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATAAAAGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACTTTTTAA > 2:4286414/1‑141 GCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAAT < 1:2770309/141‑1 GCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAAT < 1:3067231/141‑1 CTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCAGTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATC < 2:3528674/141‑1 TTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGGACTAGATATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTC < 2:3120636/141‑1 TTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCATGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTC < 2:1213978/141‑1 TTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACTTGTTAATCTC > 2:2487578/1‑141 TTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTC < 1:2958951/141‑1 TAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTCT > 1:1421221/1‑141 TAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCAAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTCT > 2:1632563/1‑141 AAAAAATAAAATAATAATTGGCTTTGCTAATAATTACTTCCCTGAATTACAAGTATTAGCAAACGAAATAAAATCTGATATGGCTAGTTCATTAAAACAATGATATTTTTATTTAAATTTTTAAAGCTTTGTACGAAATT‑GTACAAAGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2601557‑2601406‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtacaaagctttAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTCT > USA300TCH1516_ALE/2601436‑2601575 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |