New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2601406 = | 429 (1.180) | 4 (0.010) | 5/236 | NT | 1.1% | intergenic (‑818/+49) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2601436 = | 334 (1.010) | intergenic (‑848/+19) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 431 total aligned reads displayed.
TCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTCTC > USA300TCH1516_ALE/2601296‑2601576 | ccTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTaa < 1:3341130/141‑1 (MQ=255) cTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCTCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTaaa < 1:1012554/141‑1 (MQ=255) cTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTaaa < 1:3955864/141‑1 (MQ=255) tttGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTagaaa > 1:2875731/1‑141 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aaTCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTtaaa < 1:2458375/141‑1 (MQ=255) tCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGTATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAATAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAACAATTcaaata > 1:2648543/1‑141 (MQ=255) tCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTtaaata > 1:4227455/1‑141 (MQ=255) tCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTtaaata > 1:205971/1‑141 (MQ=255) cTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTCTTAGCGGGCCTGGAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTtaaataa < 1:1882337/141‑1 (MQ=255) tACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTtaaataaa < 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gttgttGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGa < 2:4196792/141‑1 (MQ=255) ttgttgCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGaa > 1:671250/1‑141 (MQ=255) tgttgCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAg < 1:3132620/141‑1 (MQ=255) ttgCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTa > 2:2269136/1‑141 (MQ=255) aTACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCaa > 2:3435936/1‑141 (MQ=255) aTACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCaa > 2:1730662/1‑141 (MQ=255) tACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTACTACTTGTAATTCAGGTAAGTAATTATTACCaaa > 2:4063591/1‑141 (MQ=255) ccAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATAATTGATTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTACTACTTCTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCACAGcatct > 2:3051770/1‑137 (MQ=255) aCTTTGT‑ACAATTTAGTACAA‑AGTTTTAAAAATTTAAATAAAAATATTATTGTTTTAATGAACTAGCCATACCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTAttattt > 2:3247253‑M1/2‑141 (MQ=255) GCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTAttattt > 1:4288492‑M1/1‑141 (MQ=255) CTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGTAAAGCCAATTAttatttt < 2:3532708‑M1/141‑1 (MQ=255) TGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTAttattttatt < 2:4301305‑M1/141‑1 (MQ=255) ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAAGGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTAttttt > 2:1991226‑M1/1‑141 (MQ=255) aaTTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTa < 1:2847199/141‑1 (MQ=255) ttCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACaa < 1:3800815/141‑1 (MQ=255) tCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACaaa < 1:3827814/141‑1 (MQ=255) cGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACaaat > 2:3815671/1‑140 (MQ=255) cGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAAc > 1:1647699/1‑141 (MQ=255) cGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAAc > 2:3748764/1‑141 (MQ=255) gtacaaagctttAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGTGAAGTAATTATTACCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAATCg > 2:1897557‑M2/13‑141 (MQ=255) gtacaaagctttAAAAATTTAAATAAAAATAGCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACg < 2:397417‑M2/129‑1 (MQ=255) acaaagctttAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACgtg < 1:300657‑M2/131‑1 (MQ=255) acaaagctttAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACgtg > 1:1631648‑M2/11‑141 (MQ=255) aaagctttAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGtt > 2:141690‑M2/9‑141 (MQ=255) ttAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACTTGTTAAtctc > 2:2487578‑M2/3‑141 (MQ=255) | TCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGT‑ACAATTTCGTACAA‑AGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTATTTTATTTTTTACAAACGTGTTAATCTCTC > USA300TCH1516_ALE/2601296‑2601576 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |