| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2601406 = | 429 (1.180) | 4 (0.010) | 5/236 | NT | 1.1% | intergenic (‑818/+49) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2601436 = | 334 (1.010) | intergenic (‑848/+19) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 481 total aligned reads displayed.
AGTGAGAATAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTA > USA300TCH1516_ALE/2601267‑2601546 | gTGAGAATAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCaaaaaa > 1:3568205/1‑141 (MQ=255) gTGAGAATAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAATTGTTGCCCATACAATACGAACCaaaaca > 2:3879685/1‑139 (MQ=255) tGAGAATAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAg > 1:4364775/1‑141 (MQ=255) gagaATAACCCACACTTGGGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGc < 2:415881/141‑1 (MQ=255) aaTAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCttt > 1:1129468/1‑141 (MQ=255) aaTAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCttt > 1:1851047/1‑141 (MQ=255) acacgtttgtaaaaaataaaataataattggctttgctaataattacttccctgaattacaagtattagcaaacgaaataaaatctgatatggctagttcattaaaacaatgatatttttatttaaatttttAAAGCTTTg < 1:3322040‑M1/9‑1 (MQ=255) acacgtttgtaaaaaataaaataataattggctttgctaataattacttccctgaattacaagtattagcaaacgaaataaaatctgatatggctagttcaatcaaacaaagatatttttatttaaatttttAAAGCTTTg < 1:1877349‑M1/9‑1 (MQ=255) aTAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTg < 1:2181190/141‑1 (MQ=255) aTAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTg > 1:2345445/1‑141 (MQ=255) cacgtttgtaaaaaataaaataataattggctttgctaataattacttccctgaattacaagtattagcaaacgaaataaaatctgatatggctagttcattaaaacaatgatatttttatttaaatttttAAAGCTTTGt > 1:2656098‑M1/132‑141 (MQ=255) aaCCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTa > 2:1263632/1‑141 (MQ=255) cgtttgtaaaaaataaaataataattggctttgctaataattacttccctgaattacaagtattagcaaacgaaataaaatctgatatggctagttcattaaaacaatgatatttttatttaaatttttAAAGCTTTGTAc > 1:4268689‑M1/130‑141 (MQ=255) cgtttgtaaaaaataaaataataattggctttgctaataattacttccctgaattacaagtattagcaaacgaaataaaatctgatatggctagttcattaaaacaatgatatttttatttaaatttttAAAGCTTTGTAc > 1:2794326‑M1/130‑141 (MQ=255) cgattgtaaaaaataaaataataattggctttggtaataattacttcactgaattacaagtattagcaaacgaaataaaatctgatatggctagttcattaaaacaatgatatttttatttaaatttttAAAGCTTTGTAc > 2:1897557‑M1/130‑141 (MQ=255) aCCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTAc > 2:2966560/1‑141 (MQ=255) tttgtaaaaaataaaataataattggctttgctaataattacttccctgaattacaagtattagcaaacgaaataaaatctgatattactagttcattaaaacaatgatatatatatttaaatttttaaatcttaatacga < 2:2253475‑M1/14‑8 (MQ=255) cacaCTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAAt > 1:2430300/1‑141 (MQ=255) cacaCTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCATAGTACCAATACTGTGACATACGCACAGCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTCTACAAt > 2:4288212/1‑141 (MQ=255) acacTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAAtt < 2:837977/141‑1 (MQ=255) acacTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAAtt < 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tgtgGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAACAAGCTTTCTACAATTTCGTa > 2:4114467/1‑141 (MQ=255) gtgGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTAc > 1:4144585/1‑141 (MQ=255) cGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCtt > 2:1764413/1‑141 (MQ=255) tCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAACAAAGCTTGGTCCAATTTCGTACAAAGCTTTa > 1:4082464/1‑141 (MQ=255) tCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTa > 1:1790951/1‑141 (MQ=255) ccTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACCTTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAACCTTTaa > 2:3428089/1‑141 (MQ=255) cTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCTCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTaaa < 1:1012554/141‑1 (MQ=255) cTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTaaa < 1:3955864/141‑1 (MQ=255) gTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAAttt < 1:1553976/141‑1 (MQ=255) ttAATCTATGATGGAGACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTta < 2:2635520/141‑1 (MQ=255) ttAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTACTATTACCAATACTGTAAAGGATTTTCATCGTCAAGTTGTAGATCATACAATACGAACAAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTta < 2:655186/141‑1 (MQ=255) tCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCGTACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTtaaata < 1:3146116/141‑1 (MQ=255) cTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTtaaataa > 1:700985/1‑141 (MQ=255) taaaaTGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTtaaataaa < 2:2494993/138‑1 (MQ=255) aCAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATaaaa > 2:1208910/1‑141 (MQ=255) cAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATaaaaa > 2:329854/1‑141 (MQ=255) aaTGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAat < 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ttttCATCGGAAAGTTGTGGAACATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACt < 2:754771/141‑1 (MQ=255) tttCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACtt < 1:4033733/141‑1 (MQ=255) tttCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACtt > 1:2736212/1‑141 (MQ=255) tttCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTAAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACtt < 1:2051563/141‑1 (MQ=255) ttCATCGGCAAGTTGTTGCTCATACAATACGCACCAAAAAAGATTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGACATCGAGCTTTTAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTg < 2:965861/141‑1 (MQ=255) tCATCTTCAAGTTATTGCTCATATAATATGCACAAAAAAAGCTTTGTATAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGt < 2:438964/141‑1 (MQ=255) tCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAAGAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGt < 1:3080774/141‑1 (MQ=255) cATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTa > 1:377842/1‑141 (MQ=255) cATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATAGCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTa > 1:3691899/1‑141 (MQ=255) tCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAAt < 2:3522512/141‑1 (MQ=255) aGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAggg < 1:945853/141‑1 (MQ=255) ttgCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTa > 2:2269136/1‑141 (MQ=255) cAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGc > 1:3910867/1‑141 (MQ=255) aTACGCACCAAAAAAGCTTTGTCCAAAATCATACCTTGCTGTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCaa > 1:3047407/1‑141 (MQ=255) aTACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCaa > 1:2937195/1‑141 (MQ=255) aTACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCaa > 1:1453417/1‑141 (MQ=255) tACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTTCTAATACTTGTAATACATGGCAGTAATTATTAgtcaa > 2:3752097/1‑137 (MQ=255) ccAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAat > 2:2128819/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAatta > 2:1671625/1‑141 (MQ=255) | AGTGAGAATAACCCACACTTGTGGAAACGTCCTTTTGTTAATCTACAATGGATACCCTTGTCTTTCGCTAACATTTCCTATTACCAATCCTGTAACGGATTTTCATCGTCAAGTTGTTGCCCATACAATACGCACCAAAAAAGCTTTGTACAATTTCGTACAAAGCTTTAAAAATTTAAATAAAAATATCATTGTTTTAATGAACTAGCCATATCAGATTTTATTTCGTTTGCTAATACTTGTAATTCAGGGAAGTAATTATTAGCAAAGCCAATTATTA > USA300TCH1516_ALE/2601267‑2601546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |