| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2761242 = | 284 (0.780) | 3 (0.010) | 3/244 | NT | 1.1% | intergenic (‑244/+249) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2761289 = | 253 (0.740) | intergenic (‑291/+202) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2761389‑2761242‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagatttCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCAA > USA300TCH1516_ALE/2761289‑2761428 AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGC > 2:3592632/1‑141AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGC < 2:1114182/141‑1AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGC < 2:408398/141‑1 attaacGATTTAAACTATAATGATATACGTGTTAAATATTAATATTACAATAGAGAAAAATATACTTATAACAAACTTAATAAAATAGGTTGATAAATTGAAATCTTGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 2:817228/135‑1 agaacGGATTTAACCTATAATGATAAGCGTTTTAAATATGAATAGTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACGTAATAATATATGTCGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 2:1549358/136‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 1:3454481/141‑1 ATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCC < 2:4207581/141‑1 TGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCA > 1:3534579/1‑141 TGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCA > 2:2476966/1‑141 TGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCA > 1:2037470/1‑141 acagtATTTAAACGATAATGATATGCGTTTTAAATATAAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAACTCGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG < 2:413592/136‑1 GAATGATTTCAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAACAGAGAAAAAGATAAGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG < 1:4309557/141‑1 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTTGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACATTAAGCCAa > 2:3451151/1‑140 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATGTGGATGGAGTAGTTAATATAATAACGGACGTTAGCCAG > 1:42396/1‑141 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCcg > 2:1151878/1‑139 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG > 1:2565754/1‑141 GAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCATTACTATCATAGCGACACTTAGCCAG > 2:1268209/1‑141 GAAGGATTTAAGCGATAATGATAGGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG < 1:769110/141‑1 GAAGGATTTAAGCGATAATGACATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAG < 2:827591/141‑1 AAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGA < 2:1369148/141‑1 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TTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGAGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATAATAGCGACCTTTAGACAGATATAAATTTATCAACCTATGTTATga > 1:1330269/1‑139 TAATAAAATAGGTGGATAAATTTAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGTCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAA < 2:1330269/141‑1 AAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGTGAACTTTAGCTAGATTTCAATTTTTCCACTTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATC < 2:237201/141‑1 CCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATTGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCATCACATGTCTTA > 2:1780748/1‑141 CCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGGTCTACTCCGTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCCTGTCTTA > 2:1984278/1‑141 CCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTA > 2:2371522/1‑141 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GATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATT < 2:3947652/141‑1 GATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATT < 1:3746373/141‑1 GATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATT < 1:1314962/141‑1 GATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATT < 1:3753730/141‑1 ATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATCTTCATATTTAAAACCCATATCATTATCGCTTATTTCCTTCATTATTAGACTATTCACTAATCCTCCCATGTCTTAATTT > 1:2526991/1‑141 ATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTT > 2:2925986/1‑141 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TCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCAA < 2:2281363/141‑1 AATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATTACAATAGAGAAAAAGATACGTAGAACAAACTTAATAAAATAGGTGGATAAATTGAAATCTGGTTGAAGTCGTTACTATCATAGCGACCTTTAGCCAGATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2761389‑2761242‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagatttCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATCCTTCATTATTAGACTATTCACAAAGCCGCCCATGTCTTAATTTCAA > USA300TCH1516_ALE/2761289‑2761428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |