| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2761242 = | 284 (0.780) | 3 (0.010) | 3/244 | NT | 1.1% | intergenic (‑244/+249) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2761289 = | 253 (0.740) | intergenic (‑291/+202) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
CAAAAAAATCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATC > USA300TCH1516_ALE/2761102‑2761382 | ttgaaattaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattga < 2:2281363‑M1/1‑1 (MQ=255)cAAAAAAATCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACaaaa < 1:2520592/141‑1 (MQ=255) aaattatgatgtggtcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt > 2:471821‑M1/138‑141 (MQ=255) aaattaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt > 1:3097704‑M1/138‑141 (MQ=255) aaattaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt > 2:546335‑M1/138‑141 (MQ=255) aaattaagacataggcgggtttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt > 2:2804455‑M1/138‑141 (MQ=255) aaaaaTCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAAt < 1:2452399/141‑1 (MQ=255) aattaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATc < 1:2166674‑M1/5‑1 (MQ=255) attaagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagaaaagcagataccaataacaaacttaataaaataggaggataaattgAAATCt < 2:4267578‑M1/6‑1 (MQ=255) aaaTCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAACATCt > 2:2037470/1‑141 (MQ=255) taagacatgggcggctttgtgaatagtctaataatgaaggatttaagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTgg > 2:2371522‑M1/134‑141 (MQ=255) tCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTgcc > 2:854056/1‑139 (MQ=255) cTTTTTTGCGTAACTATTAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCt < 1:2896694/141‑1 (MQ=255) tttttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaa > 1:2820062/1‑141 (MQ=255) tttttGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaa < 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aTCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGAt < 1:1159677/141‑1 (MQ=255) tCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTTTTGCACAAAAAATCTGGCTAAATGTCTATCTGATa > 2:6001/1‑141 (MQ=255) aaTAGTGAAGTTTGATTTTGCTACTTGATAACATGGCATGAGTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGt < 2:132102/141‑1 (MQ=255) aGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAAc < 1:881552/141‑1 (MQ=255) gAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATTTATCATTTTTATTATTGCTTTTTATTGTATAAAAAATACGTCTAAAGGTCGCTATGATCGTAACGAc > 2:3673611/1‑141 (MQ=255) aattttGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACt < 2:2461391/138‑1 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aCATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGTTAAATGTTGCTATGATAGTAACGACTTCAACAAGATTTAAATTTATCCa > 2:2226012/1‑141 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAt > 1:3374794/1‑141 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAt > 2:1432101/1‑141 (MQ=255) tGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAtttt > 1:3675944/1‑141 (MQ=255) aCTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttat > 1:1484189/1‑141 (MQ=255) cTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttatt < 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1:2970403/1‑141 (MQ=255) tgcTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCa < 1:2226012/139‑1 (MQ=255) tatgttGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTTGTTATGATAGTAACGACTTCAACTAGATTTCAATTTATCCACCTAGTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCAt < 2:1035251/137‑1 (MQ=255) cTATTGCACAAAAAATCTGGCTGAAGGTCGCTATGAGAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAACCGCATATCAtt > 1:3478381/1‑141 (MQ=255) tATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTa > 1:2921001/1‑141 (MQ=255) aTTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTAt < 1:3517323/141‑1 (MQ=255) 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2:1833357/141‑1 (MQ=255) aaaaTCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATTCCTTAAAt > 2:2868172/1‑141 (MQ=255) AAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATc < 1:2194682‑M1/141‑1 (MQ=255) | CAAAAAAATCTTTTTTGCGTAACTATCAATAGTGAAGTTTGATTTTCCTACTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATTATCGCTTAAATC > USA300TCH1516_ALE/2761102‑2761382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |