| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1855105 = | 305 (0.840) | 4 (0.010) +GTAAT |
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 1855145 = | 333 (0.910) | intergenic (‑461/+79) | ccpA/aroF | Catabolite control protein A/Phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
ATTTTACAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTA > USA300TCH1516_ALE/1854966‑1855245 | atTTTACAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAg > 1:2351277/1‑141 (MQ=255) tttACAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTTTACAAAAAATAATAGcc < 1:3272014/141‑1 (MQ=255) tttACAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGcc < 1:63411/141‑1 (MQ=255) tttACAGATAATTAATAGTTATAATTTTAATTACTGATATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGcc < 2:390624/141‑1 (MQ=255) tACAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCAc < 2:4184134/141‑1 (MQ=255) aCAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATAAGTAATAATTTAGCGTGAATGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCAct > 1:166870/1‑141 (MQ=255) cAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCActc > 1:3467501/1‑141 (MQ=255) cAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTAGCAGTCTTAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCActc > 1:4194660/1‑141 (MQ=255) aGATTATTCATATGTATAATTTTAATTACTGCTATTTGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTTCAGTATACTGTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCActct < 2:307874/141‑1 (MQ=255) gATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAACCCGAATAGCCActcga > 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2:3215622/1‑141 (MQ=255) cTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTAttt > 1:3798441/1‑141 (MQ=255) tataCAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTAtttt > 1:448482/1‑141 (MQ=255) taCAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGCATATTATTTTaa > 2:4381829/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaTAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACt < 2:4021632/140‑1 (MQ=255) aaaaaaTATAAGCAACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACtt < 2:205546/141‑1 (MQ=255) 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1:3978649/141‑1 (MQ=255) aGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTta > 1:3441239/1‑141 (MQ=255) aGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTta > 2:2811602/1‑141 (MQ=255) | ATTTTACAGATAATTCATAGTTATAATTTTAATTACTGCTATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTA > USA300TCH1516_ALE/1854966‑1855245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |