| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1855105 = | 305 (0.840) | 4 (0.010) +GTAAT |
4/250 | NT | 1.3% | intergenic (‑421/+119) | ccpA/aroF | Catabolite control protein A/Phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1855145 = | 333 (0.910) | intergenic (‑461/+79) | ccpA/aroF | Catabolite control protein A/Phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
ATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATCATAAAATGCTT > USA300TCH1516_ALE/1855006‑1855285 | aTCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGtt > 2:860272/1‑141 (MQ=255)aTCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGtt > 2:3044116/1‑141 (MQ=255) tCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGttt > 2:2315579/1‑141 (MQ=255) tCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTaaaa > 1:1569548/1‑141 (MQ=255) 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aTTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTc > 1:1034333/1‑141 (MQ=255) ttGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGGTTCAAAGATAATATTCt > 2:3111530/1‑141 (MQ=255) ttGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCt > 1:3582320/1‑141 (MQ=255) ttGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCt > 1:1725291/1‑141 (MQ=255) tGAACAAGTTTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTa < 1:750733/141‑1 (MQ=255) tGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTa < 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aCAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACtt < 2:1084986/141‑1 (MQ=255) aCAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACtt > 1:913784/1‑141 (MQ=255) aaGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTTTACTTCa > 2:3954611/1‑141 (MQ=255) tCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGCTTACATTGGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATg > 1:1877012/1‑141 (MQ=255) cGAATTATTCTAACAACCGTCAATTGCATTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGa < 1:677715/141‑1 (MQ=255) cGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACtt > 1:345273/1‑133 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aaGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCtat < 1:3990551/141‑1 (MQ=255) aGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAGTATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCtata > 1:2601557/1‑141 (MQ=255) aGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCtata > 2:2520234/1‑141 (MQ=255) aGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCtata > 2:2936772/1‑141 (MQ=255) gTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCACAGAAAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAg > 2:2410915/1‑141 (MQ=255) aGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATCGTTTc > 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1:1852856/1‑141 (MQ=255) gAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTGGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATtca > 2:1170494/1‑141 (MQ=255) gAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATtca > 1:2257639/1‑141 (MQ=255) gAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATtca > 1:1439844/1‑141 (MQ=255) aaTGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATtcat > 2:3481225/1‑141 (MQ=255) aTGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATtcatc > 2:45598/1‑141 (MQ=255) 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1:4049449/141‑1 (MQ=255) gCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATCATa < 2:4379488/141‑1 (MQ=255) cTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGGTAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTCAGTGGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCCTCATaa > 2:1358295/1‑141 (MQ=255) tGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGTAATATTATTTTAACTTTTTAGCTTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATCATaaa > 2:2600718/1‑141 (MQ=255) gTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGTATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATTATaaaa > 2:575489/1‑141 (MQ=255) aGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATCATAAAATGc > 1:1800975/1‑141 (MQ=255) ctttAAAATTGTCGATTCCAAGATAATATTCTAATTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATCATAAAATGCt < 1:3065151/140‑1 (MQ=255) tttAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATCATAAAATGCtt > 2:2658278/1‑141 (MQ=255) | ATCAGTCATAATCTTTAATAATTGTGAAATTGAACAAGTGTCGAAGTATTATAACAATCGTTAAGTGCAGTATACCTTTATTTCTATACAAAAAATAATAGCCACTCTAAAAGTAATATACTCTTAGAATGGCTGTAAGTTTAAAATTGTCGATTCAAAGATAATATTCTACTTCAACATGACATATTAGTTAAGTAGTCTATAGTTTCCTTGGAATATTATTTTAACTTTTTAGCGTTATATAAATCAGCTAAAGGCTTTAATTCATCATAAAATGCTT > USA300TCH1516_ALE/1855006‑1855285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |