| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256428 | 318 (0.980) | intergenic (+81/+40) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 528 total aligned reads displayed.
TGACGAAGCTACTACACCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCA > USA300TCH1516_ALE/2256269‑2256549 | gACGAAGCTACTACACCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATTCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 2:2265371/1‑141 (MQ=255) aCGAAGCTACTACACCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAGTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTc > 1:3995205/1‑141 (MQ=255) gCTACTACACATGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAGTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGc < 2:576496/141‑1 (MQ=255) tactacACCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGt < 1:254471/141‑1 (MQ=255) actacACCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:1556787/141‑1 (MQ=255) tacACCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCACAGTCACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATc < 1:3698659/141‑1 (MQ=255) acCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAAATGACAAAACCAACACATTCTGGGCGTATcccc < 2:327893/141‑1 (MQ=255) ccTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAACCCAACACATTATGGTCGTATACCCa > 2:1078428/1‑141 (MQ=255) cTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAt < 1:236849/141‑1 (MQ=255) gaagaaCGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTAACCATATCCCCAttt > 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aaaaTTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc > 2:2870548‑M2/1‑131 (MQ=255) aaaTTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct < 2:1478802‑M2/141‑12 (MQ=255) aaaTTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct > 1:2848685‑M2/1‑130 (MQ=255) cATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAGAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttat > 1:3016797/1‑141 (MQ=255) cATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttat > 1:2401087/1‑141 (MQ=255) cATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttat > 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2:734605‑M1/138‑137 (MQ=255) cacaTaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgatatctaaagcgatttccatcatttgtgtaaatgaattttgacgt > 2:921799‑M1/1‑5 (MQ=255) cacaTaaatggggatacgcccagaatctactcgctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgatttctaaagcgatttccatcatttgtgtaaatgaattttgacgt < 2:4032900‑M1/141‑137 (MQ=255) aacatagatggggatacgtccataatgtgttgtctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgatttctaaagcgatttccatcatttgtgtaaatgaattttgacgt < 2:3600998‑M1/140‑137 (MQ=255) acaTaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgatttctaaagcgatttccatcatttgtgtaaatgaattttgacgtt > 1:1423019‑M1/1‑4 (MQ=255) caTaaatggtgatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgatttctaaagcgatttccatcatttgtgtaaatgaattttgacgttc < 1:1413237‑M1/141‑139 (MQ=255) 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2:3714395‑M1/1‑1 (MQ=255) taaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgatttctaaagcgatttccatcatttgtgtaaatgaattttgacgttctt < 1:2881240‑M1/141‑141 (MQ=255) taaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgatttctaaagcgatttccatcatttgtgtaaatgaattttgacgttctt > 1:2576703‑M1/1‑1 (MQ=255) | TGACGAAGCTACTACACCTGAAGAACGTCAAAATTCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCA > USA300TCH1516_ALE/2256269‑2256549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |