| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2660570 = | 361 (0.990) | 5 (0.020) | 5/236 | NT | 1.6% | intergenic (+12/+237) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2660603 = | 281 (0.850) | intergenic (+45/+204) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 436 total aligned reads displayed.
GAAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACC > USA300TCH1516_ALE/2660430‑2660710 | acgaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacatatatacaaaataa < 1:1723043‑M1/1‑1 (MQ=255)acgaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataa < 1:2856908‑M1/1‑1 (MQ=255) cgaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaaacggattttaatcatatcgatttttatacatctatacaaaataaa < 2:2761334‑M1/2‑1 (MQ=255) cgaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcacaataaaatcatttgaataaatgataaaataaagcgaatattaatcaaatcgaatttaataaatatatacaaaataaa < 2:3225874‑M1/2‑1 (MQ=255) cgaatcatcaaatattaatatagcgcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataaa > 1:588949‑M1/140‑141 (MQ=255) gaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataaaa < 2:3671051‑M1/3‑1 (MQ=255) gaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataaaa < 1:2440617‑M1/3‑1 (MQ=255) gaatcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataaaa > 1:273794‑M1/139‑141 (MQ=255) aatcatcaaatactcacatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataaaaa > 1:2754912‑M1/138‑141 (MQ=255) aGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTAGTACATGTGAAACACGTCTAAATCAATATATATATTTaata > 2:3019681/1‑139 (MQ=255) aGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTACTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTaaaa > 2:78948/1‑141 (MQ=255) atcatcaaatactaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAg > 1:2104199‑M1/137‑141 (MQ=255) tctttatatattaagatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaatttagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaactcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGc > 2:898772‑M1/136‑141 (MQ=255) tcatcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcgaattttaataaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGc < 1:439626‑M1/6‑1 (MQ=255) ttttAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTCAATTAATATGTATATTTAAAAGCaa > 2:3108574/1‑141 (MQ=255) ttttAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATAAATTTaaaacaaa > 2:3764368/1‑137 (MQ=255) ttttAGTAACACCACATATTGCTTGCGTCTCTAATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCaa < 2:1765969/141‑1 (MQ=255) atcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacgaaataAAAAGCaa < 1:2685851‑M1/8‑1 (MQ=255) atcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCaa < 2:2568506‑M1/8‑1 (MQ=255) atcaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCaa < 1:324523‑M1/8‑1 (MQ=255) ttAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAg > 2:3492379/1‑141 (MQ=255) aatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAGgc < 1:488807‑M1/12‑1 (MQ=255) aGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGgc > 1:2568506/1‑141 (MQ=255) aaCACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGgcgcg < 2:3844788/141‑1 (MQ=255) caccacATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGcc > 1:3214419/1‑141 (MQ=255) atatatctcaaacaggttaggcaataatgccatacaaaaatgagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAGGCGCGCCAt > 1:4156521‑M1/123‑141 (MQ=255) acaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCCTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGACGCGCCAtgt > 2:212777/1‑141 (MQ=255) acaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgt < 1:395935/141‑1 (MQ=255) caTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgtg > 1:218890/1‑141 (MQ=255) caTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgtg > 1:1226892/1‑141 (MQ=255) caTATTGCCTTCTTCTCTGCTGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgtg < 1:1608311/141‑1 (MQ=255) atTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCt > 1:3421551/1‑141 (MQ=255) atTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGAAAAGGCGCGCCATCGGCCt > 1:3652233/1‑141 (MQ=255) gCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCCAAGGCGCGCCATGTGCCTTTg < 1:2903172/141‑1 (MQ=255) tttCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGTGCCATGTGCCTTTGCt < 1:4300755/141‑1 (MQ=255) gttgttctCTGATGGAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAGAGCAGAGGTGCGCCATGTGCCTTTGCt < 2:2030073/137‑1 (MQ=255) tcttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCttt < 2:12451/141‑1 (MQ=255) tctgttctGATGAAGCAGTACATAACCTTATTGAAATTGGTTTGTCTGCCTCATTTTCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCttt < 2:493335/136‑1 (MQ=255) tttctCTGCTGAAGCAGTATAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttt < 2:715195/140‑1 (MQ=255) cttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttt < 1:697830/141‑1 (MQ=255) ttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCttttt > 2:1397065/1‑141 (MQ=255) ctctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAt > 2:3731034/1‑141 (MQ=255) 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2:2249265/141‑1 (MQ=255) gTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCAATGTGCCTTTGTTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTAtttt < 2:3553273/141‑1 (MQ=255) tttAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTa < 1:3837822/141‑1 (MQ=255) aaTTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTAt < 2:3389415/141‑1 (MQ=255) tAATATATAGATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAGGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGc < 1:1284072/141‑1 (MQ=255) atatatatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCat > 2:625421/1‑141 (MQ=255) 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1:3328553/141‑1 (MQ=255) tttAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTa > 1:775489/1‑141 (MQ=255) AAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAAGCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAAcc > 2:2673981‑M1/1‑141 (MQ=255) | GAAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACC > USA300TCH1516_ALE/2660430‑2660710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |