| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2660570 = | 361 (0.990) | 5 (0.020) | 5/236 | NT | 1.6% | intergenic (+12/+237) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2660603 = | 281 (0.850) | intergenic (+45/+204) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 408 total aligned reads displayed.
TTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTTGATGATTCGTA > USA300TCH1516_ALE/2660463‑2660743 | tggctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTGAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTa < 2:824977/138‑1 (MQ=255) tctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAt‑t > 2:1278196/1‑141 (MQ=255) aGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTatat > 1:1783371/1‑141 (MQ=255) aGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTCATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCCTGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTg > 1:3143010/1‑141 (MQ=255) aGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑ATTGTATATATg > 2:641707/1‑141 (MQ=255) tACAAAACCTGGTGGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTa < 2:2624320/141‑1 (MQ=255) tagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataaaaagcaaaggcgcgccatgtgcctttgcttttTAT‑TTTGTATATCTGTAt < 1:3281617‑M2/18‑1 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATTTATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCaaaa > 2:2790715/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATCTCTGTATCaaaa > 1:3541968/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCaaaa > 2:3282591/1‑141 (MQ=255) tgttgAAGGTGGTTTAAACGGAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAATTTTATTTATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGa < 2:3322831/141‑1 (MQ=255) gAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTg < 1:1600414/141‑1 (MQ=255) gAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTg < 2:2129765/141‑1 (MQ=255) gAAGGTGGTTTAAACGCAGCAGTATATGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTg < 2:255564/141‑1 (MQ=255) ggtggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGAtt < 2:3645604/141‑1 (MQ=255) gtggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTa < 1:2974269/141‑1 (MQ=255) ggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaaa < 1:3823077/141‑1 (MQ=255) ggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaaa > 1:3410878/1‑141 (MQ=255) ggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTAATTaaa > 2:3969679/1‑141 (MQ=255) ggtTTAAACGCAGCATTATCTGTAATTAACACTGTTACAGGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCACAATCGATTTGATTaaa > 1:4194701/1‑141 (MQ=255) gtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTTATTaaaa > 2:1936396/1‑141 (MQ=255) gtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaaaa > 2:209442/1‑141 (MQ=255) gtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATAGGTTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaaaa < 2:510559/141‑1 (MQ=255) aCGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAACACCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCt > 1:4381625/1‑141 (MQ=255) aCGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCt < 2:3241542/141‑1 (MQ=255) cGCAGCATTATCTGTTTATAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCtt < 2:243520/141‑1 (MQ=255) gcagcaTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCttt > 1:1056767/1‑141 (MQ=255) agtATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAACCACGTTTAAATTAATATATGTATTTAAAAGCAACAGTGCGCCAAGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATCTCTGACTCTTGTTGGCATTTTTTAAAATCCGCtttatttt < 2:762361/139‑1 (MQ=255) ttATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAACTTCGGtgtctttta > 2:3777165/1‑141 (MQ=255) ttATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCtttattttt > 1:112284/1‑140 (MQ=255) ttATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCtttatttta > 2:3747377/1‑141 (MQ=255) ttCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTatc > 1:4273617/2‑141 (MQ=255) tCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTatca > 1:1841691/1‑141 (MQ=255) tCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTa > 1:1243726/1‑141 (MQ=255) cATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAACATCGATTTGATTACAATCCGCTTTATTTTATCATCTAt > 2:439065/1‑141 (MQ=255) tAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCa > 2:2462380/1‑141 (MQ=255) aaCAGTGGTACATGTGAAATACGTTTAAATTAATATATATATTTAAGAGCAAGGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCaa < 2:1418270/141‑1 (MQ=255) aaCACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCaa < 2:3542818/141‑1 (MQ=255) acacTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAACTCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCaaa > 2:4314277/1‑141 (MQ=255) cacTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAAt > 2:4144265/1‑141 (MQ=255) cacTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAAt > 2:4021562/1‑141 (MQ=255) cTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGa > 2:2856908/1‑141 (MQ=255) ggTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGTTTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTAAAATGAtt > 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CAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGttt > 1:1011608‑M1/1‑141 (MQ=255) AGGCGCGCTATGTTTATTTG‑TTTTTATATTTGTATATCTTTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCTGCTTTATTTTATCATATATTCAAATGATTTTAGTGCGATTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTgag > 2:314083‑M1/1‑141 (MQ=255) AGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTgag < 1:91226‑M1/141‑1 (MQ=255) GCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGat < 1:3572546‑M1/141‑1 (MQ=255) GCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGat < 2:3448860‑M1/141‑1 (MQ=255) GCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTAGTGCCTAACCTGTTTGAGat < 1:2457729‑M1/141‑1 (MQ=255) gcgcCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatat > 2:1650239/1‑141 (MQ=255) cgcCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatata > 1:1492352/1‑141 (MQ=255) ccATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATACAtt > 1:4130369/1‑141 (MQ=255) tgCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAatat < 1:3377831/141‑1 (MQ=255) tgCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAatat < 2:2260528/141‑1 (MQ=255) gcctttgcttttTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATAtt < 1:2879155‑M2/129‑1 (MQ=255) gcctttgcttttTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATAtt < 1:2745693‑M2/129‑1 (MQ=255) gcctttgcttttTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATAtt < 1:488807‑M2/129‑1 (MQ=255) ttgcttttTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTtgat < 1:324523‑M2/133‑1 (MQ=255) ttgcttttTAT‑TTCGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTtgat < 1:2685851‑M2/133‑1 (MQ=255) ttttTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTTAAATCCGCTTTATTTTATCATCTCTTCAAATGATTTTAGTGCGTTTATTTTATTATTTCATTATTGCTTAACCTGTTTGTTATATATTAATATTTGATGAtt > 2:3064238‑M2/5‑141 (MQ=255) tttTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTTGATGATTc > 1:273794‑M2/4‑141 (MQ=255) tttTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTTGATGATTc < 2:112284‑M2/138‑1 (MQ=255) | TTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAT‑TTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATATTTGATGATTCGTA > USA300TCH1516_ALE/2660463‑2660743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |