| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2762148 = | 367 (1.010) | 5 (0.010) | 3/252 | NT | 1.3% | intergenic (‑52/+11) | sirC/cysJ | Precorrin‑2 dehydrogenase/Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha‑component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2762191 = | 380 (1.080) | coding (1849/1881 nt) | cysJ | Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha‑component | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
AATGTTTGTGCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTCTTTTACCAATACATCTTTAATGGCTTGATGGACATCTTTCGCCAT > USA300TCH1516_ALE/2762008‑2762287 | tgagcaaggcgcagcaatctatatttgtggcgatgaaaaatgtatggcgaaagatgtccatcaagccattaaagatgtattggtaaaagaacgtcatatttctgaagaagaagcagagttattattgcgacaaatgaaaca < 2:2248156‑M1/1‑1 (MQ=255)tgagcaaggcgcagcaatctatatttgtggcgatgaaaaatgtatggcgaaagatgtccatcaagccattaaagatgtattggtaaaagaacgtcatatttctcaagaagaagcagagttattattgcgacacatgaaaca < 2:683158‑M1/1‑1 (MQ=255)tgagcaaggcgcagcaatctatatttgtggcgatgaaaaatgtatggcgaaagatgtccatcaagccattaaagatgtattggtaaaagaacgtcatatttctcaagaagaagcagagttattattgcgacaaatgaaaca < 1:3882211‑M1/1‑1 (MQ=255) gagcaaggcgcagcaatctatatttgtggcgatgaaaaatgtatggcgaaagatgtccatcaagccattaaagatgtattggtaaaagaacgtcatatttctcaagaagaagcagagttattattgcgccaaatgaaacaa < 2:1209927‑M1/2‑1 (MQ=255) gagcaaggcgcagcaatctatatttgtggcgatgaaaaatgtatggcgaaagatgtccatcaagccattaaagatgtattggtaaaagaacgtcatatttctcaagaagaagcagagttattattgcaacaaatgaaacaa < 2:2964930‑M1/2‑1 (MQ=255) aTGTTTGTGCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTAGTTAGGTCTATCATGAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTATACCTTAACATATTTaa > 2:1709807/1‑141 (MQ=255) tGTTTGTGCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAac > 1:2808961/1‑141 (MQ=255) tttGTGCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAacac > 2:3183094/1‑141 (MQ=255) ttGTGCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACGTTACAATATTTAACAcc > 1:224032/1‑141 (MQ=255) ttGTGCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAAGTTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACAcc < 2:4057672/141‑1 (MQ=255) gCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATc > 1:942101/1‑141 (MQ=255) cccGACGACTTGGAATGACGACTCCACCAACTATTACGCCATTTGGATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCg < 2:3563303/141‑1 (MQ=255) cgacgaCTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTACAATCTTTCACACCaacacct > 2:2608555/1‑136 (MQ=255) cgacgaCTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCt > 1:854991/1‑141 (MQ=255) cgacgaCTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCt > 1:1924768/1‑141 (MQ=255) gacTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCtaata > 1:1378305/1‑141 (MQ=255) gacTTGCAACGACGCATACACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCACCATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCtaata > 2:2025956/1‑141 (MQ=255) tGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTACCACCAATCGCTAATAAACa > 2:3686861/1‑141 (MQ=255) gacgCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCCCGt > 2:3855091/1‑141 (MQ=255) acgCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGtt < 1:4304378/141‑1 (MQ=255) cgCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTg > 1:2446612/1‑141 (MQ=255) cgCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTg > 1:1593472/1‑141 (MQ=255) caccaACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCg < 2:1418280/141‑1 (MQ=255) caccaACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCg < 1:2662755/141‑1 (MQ=255) aaaaggtatggcgaaagatatgcatcaagacattaaagatgtattggtaaaagaacgtcatatttctcaagaagaagcagagttattattgcgacaaatgaaacAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgtt > 2:3517750‑M1/105‑141 (MQ=255) aaCTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgt < 1:63967/141‑1 (MQ=255) aCTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgtt < 1:3097440/141‑1 (MQ=255) tATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgttgt > 1:1086203/1‑141 (MQ=255) tATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgttgt > 1:3710950/1‑141 (MQ=255) tATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgttgt > 1:3183494/1‑141 (MQ=255) aTGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTAAGCAACATCCTTTCTATCTTTTTTCATCATTACCCCTTAAAATATTTAGCACCAATCGCTAGTCGCCATCCCGTTGATAGCgttgttgtt < 2:2945817/141‑1 (MQ=255) tGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgttgttg > 1:2964930/1‑141 (MQ=255) gacgacATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgttgttgt < 2:1124880/141‑1 (MQ=255) gacgacATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgttgttgt > 1:393617/1‑141 (MQ=255) acgacATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCgttgttgttgtt < 1:3339631/141‑1 (MQ=255) cATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCGTGTTCAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTTATAGCGTTGTTGTTGTTTCAt < 2:1491905/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATAGTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCGAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCAt < 2:1006776/140‑1 (MQ=255) aTTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCAtt < 1:1762187/141‑1 (MQ=255) aTTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCAtt < 2:2111693/141‑1 (MQ=255) tttATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGt > 2:2707875/1‑141 (MQ=255) tATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCg > 2:3260283/1‑141 (MQ=255) aTTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGc > 1:1802397/1‑141 (MQ=255) aaTCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAAtaataa < 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1:3483591/1‑141 (MQ=255) cTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTCTTTTACCAATACATCTTTAATGGCTTGATGGACa > 1:3656101/1‑141 (MQ=255) cTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATGGGGCTCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTCTTTTACCAATACCTCTTTAATGGCTTGATGGACa > 1:1692542/1‑141 (MQ=255) ttAGAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCATGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTCTTTTACCAATACATCTTTCATGGCTTGATGGACAt < 2:2522261/141‑1 (MQ=255) tAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTCTTTTACCAATACATCTTTAATGGCTTGATGGACATc > 2:1951068/1‑141 (MQ=255) aaTATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTC‑TTTACCAATACATCTTTAATGGCTTGATGGACATCTTTc > 2:871835/1‑141 (MQ=255) 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2:3454180/1‑141 (MQ=255) ttAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTGTTGAGAAATATGACTTTCTTTTACCAATACATCTTTAATGGCTTGATGGACATCTTTCGCCa < 1:4388215/141‑1 (MQ=255) tAACATCAATCGCTAATTAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTCTTTTACCAATACATCTTTAATGGCTTGATGGACATCTTTCGCCAt < 2:3940229/141‑1 (MQ=255) | AATGTTTGTGCCCGACGACTTGCAACGACGCCTCCACCAACTATGACGACATTTTTATTTGTTAAATCTATCATTAATGGCATATTCATGTTGAGCAACATCCTTTATATCTTTTTACATCATTACACCTTAAAATATTTAACACCAATCGCTAATAAACATCACGTTGATAGCGTTGTTGTTGTTTCATTTGTCGCAATAATAACTCTGCTTCTTCTTGAGAAATATGACGTTCTTTTACCAATACATCTTTAATGGCTTGATGGACATCTTTCGCCAT > USA300TCH1516_ALE/2762008‑2762287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |