New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 2937 | 577 (1.060) | 5 (0.010) | 4/250 | NT | 0.91% | intergenic (‑263/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
? | NC_012417 | = 2949 | 534 (1.020) | intergenic (‑275/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2793‑2937 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaacTCGT‑TCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAATTAA < NC_012417/2949‑2810 TTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG < 1:105848/141‑1 TTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG < 2:70913/141‑1 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AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTTATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATTAAAAGTAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA > 2:388341/1‑141 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTTACATTACTTTATTTAGCTTTAGAGGCTCATAAAACGAAGAAGAAATAGGTTATTTTTTGAAA > 2:124377/1‑141 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTGTTTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA < 1:251987/141‑1 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA > 2:175693/1‑141 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA > 1:162445/1‑141 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA > 2:304374/1‑141 ATTTTTAATTTTGTTTAGTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:147516/141‑1 ATTTTTAATTTTGTTAATTTGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTGTGTTGAAAC < 2:244718/141‑1 ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAATAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC > 2:78031/1‑141 ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:180789/141‑1 ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC > 2:151870/1‑141 ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 2:239213/141‑1 ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:141711/141‑1 ATTTTTAATTTTGTTAATTCGAATTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTTGCGATGTTGATGTATTCACTGGTTTTCTGATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:75272/141‑1 GTTAATTGGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGT‑TCACACTC < 1:101578/141‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGT‑TCACACTC < 1:298005/141‑1 TAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGT‑TCACACTCGT < 1:126333/141‑1 AAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGT‑GTGAACGAGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTATACCTAAATAAATTAATGTGAAAACTAATGAATAAATATAACTTTCTAAAAAGT > 1:98710/1‑141 AGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGA‑ACGAGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTAACCCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAA > 1:14155/1‑141 aagaattAACTCGT‑TCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAA > 2:146184/8‑141 gaaaAAACTCGT‑TCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTCTCTAACAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATC > 2:254630/5‑141 GAAACTCGT‑TCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACGCTCCCAAACCT‑TTTTAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAA > 1:395267/1‑141 GAAACTCGT‑TCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATAGAA > 1:381096/1‑141 GAAACTCGT‑TCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACCTTCTAAAAAGTCAAAAGAATTATAAAATAAAATCGAA > 1:371867/1‑141 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TTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2793‑2937 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaacTCGT‑TCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCT‑CTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAATTAA < NC_012417/2949‑2810 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |