| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 2464 = | 671 (1.020) | 4 (0.010) | 3/262 | 50.5 | 0.64% | coding (211/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2498 = | 603 (0.970) | coding (177/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CCATACTTTCAATGGTCTTGGATTTTAATTTCAAAGAAGCTCAAGCCCAAAACAAAAATAACATTGCAGATAAAAACGTTGAAACTTTAAACGAAAAAGAAATTGAAAAAGAACTAAAATACATATATGGCAAAATTATTATTTTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2610‑2464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tattttagTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAA > NC_012417/2498‑2636 CCATACTTTCAATGGTCTTGGATTTTAATTTCAAAGAAGCTCAAGCCCAAAACAAAAATAACATTGCAGATAAAAACGTTGAAACTTTAAACGAAAACGAAATTGAAAAAGAACTAAAATCCATATATGGCAACATTATT > 1:162826/1‑140CCATACTTTCAATGGTCTTGGATTTTAATTTCAAAGAAGCTCAAGCCCAAAACAAAAATAACATTGCAGATAAAAACGTTGAAACTTTAAACGAAAAAGAAATTGAAAAAGAACTAAAATACATATATGGCAAAATTATT > 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GTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAAACCATTGAACCTACTTTTATTATACTTAATGATACTACTAAA > 2:173742/1‑140 GTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATGTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAA < 1:124835/140‑1 CCATACTTTCAATGGTCTTGGATTTTAATTTCAAAGAAGCTCAAGCCCAAAACAAAAATAACATTGCAGATAAAAACGTTGAAACTTTAAACGAAAAAGAAATTGAAAAAGAACTAAAATACATATATGGCAAAATTATTATTTTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2610‑2464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tattttagTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAA > NC_012417/2498‑2636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |