| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 2464 = | 671 (1.020) | 4 (0.010) | 3/262 | 50.5 | 0.64% | coding (211/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2498 = | 603 (0.970) | coding (177/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 679 total aligned reads displayed.
CCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAA > NC_012417/2325‑2603 | ccaACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATc < 1:147054/140‑1 (MQ=255) taattgatctAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGGCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCt < 2:9684/133‑1 (MQ=255) caACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCTAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAT‑CTGTTCCCTCTTTATCt > 2:58879/1‑140 (MQ=255) aaCTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTa < 1:246667/140‑1 (MQ=255) aCTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTTGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTaa > 2:175993/1‑140 (MQ=255) aCTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTaa > 1:111591/1‑140 (MQ=255) aCTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTaa < 1:10164/140‑1 (MQ=255) gCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAaat > 1:189743/1‑140 (MQ=255) tctAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCTAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCAGTCTTTATCTAAattaa > 2:220970/1‑140 (MQ=255) tctAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAaataa > 1:175341/1‑140 (MQ=255) ctAGGTTATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAaataat < 2:117608/140‑1 (MQ=255) agttGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTATATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCTTTCAGAAACCTACCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACCTCTTTTG‑CTGTGCCGTCTTTATCTAAaataataa < 2:69346/137‑1 (MQ=255) ggTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAaataataat < 2:234483/140‑1 (MQ=255) gTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGTCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAAtt > 2:241368/1‑140 (MQ=255) tGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAAttt > 2:15543/1‑140 (MQ=255) gATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAAtttt > 1:251807/1‑140 (MQ=255) atatAGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAACCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTTTTCTGTCTTTATCTTAAATAATATttttt > 2:195701/1‑139 (MQ=255) ttGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTCGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCa > 1:81714/1‑140 (MQ=255) tGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCat > 2:237623/1‑140 (MQ=255) tGAACTAGTTTTCGTTTTATGCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTTGAATTCTTAAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCATTAG‑CGCTTACGTATTTATCTTAACTAATAATTTTTCCat > 2:51821/1‑140 (MQ=255) gAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCTTTCAGGAACATATCCATATTGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCTTCTTTTTCTAATATAATATTTTTGCCata > 2:106043/1‑140 (MQ=255) gAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTTCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCtata > 2:199930/1‑140 (MQ=255) gAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATATTAATTTTGCCata > 2:138469/1‑140 (MQ=255) gAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCata > 2:76108/1‑140 (MQ=255) aaCTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCTATATCGATATTTGGCATTTTCTAGATTCACCTCTTTAA‑CTTTTACTTCTTTCTCTTATATAATAATTTTGCCatat > 2:206679/1‑140 (MQ=255) aCTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTTCCatata > 2:211436/1‑140 (MQ=255) cTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCatatat < 1:106587/140‑1 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1:55986/140‑1 (MQ=255) ttATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTATTTc > 2:84015/1‑140 (MQ=255) ttATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTGCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTc < 1:95559/140‑1 (MQ=255) tctcTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGACATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCtttt < 2:171208/140‑1 (MQ=255) tctcTATGTCGTTTTTTAGTTGTTAGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCtttt < 1:79459/140‑1 (MQ=255) tctATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTCGCTTTTTGTCGTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTc > 1:194972/1‑140 (MQ=255) tctATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTc > 1:141064/1‑140 (MQ=255) tctATGACGTTTTTTATTTTTTTGAATCTTTCATGGACATATCCATATCGATATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTATAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTc < 2:160332/140‑1 (MQ=255) ctATGTCTTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCa < 2:90266/140‑1 (MQ=255) ctATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCAAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCTATATATT‑TATTTTATTTCTTTTTCa > 2:111617/1‑140 (MQ=255) tATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCaa > 1:227177/1‑140 (MQ=255) aTGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAAt < 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gagaTTTGGCATTTTCTAGATTAACATTTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTCCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTAttt < 1:135363/140‑1 (MQ=255) gagaTTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAACGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTAttt > 1:33727/1‑140 (MQ=255) gagaTTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTAttt > 1:1162/1‑140 (MQ=255) gaTTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAATTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTAttttt > 2:181315/1‑140 (MQ=255) gaTTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATCTTAttttt > 1:74820/1‑140 (MQ=255) tttGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATCCATTTCCCCTTTAAATTTTCATCGTTTTTATCTACGATTTTATtttggt < 1:265883/140‑1 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ttttCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGc < 1:29111/140‑1 (MQ=255) ttttCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGc < 1:204928/140‑1 (MQ=255) tttCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCt < 1:211468/140‑1 (MQ=255) tCTAGATTAACATCTTTAG‑TTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTg < 2:135063/140‑1 (MQ=255) ttAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGTGCTTGATcttc > 2:191955/1‑140 (MQ=255) aaCATCTTTAG‑CTGTTCCGTTTTTATCTATAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGcttctt < 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cTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGaaa > 1:16304/1‑140 (MQ=255) aG‑CTTTTCCTTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCCCTATCTGGGAGGAATTCTTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTTAAATTaa < 1:62122/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAAt < 2:245484/140‑1 (MQ=255) ggtgcGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATc < 1:88615/136‑1 (MQ=255) tCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCa > 1:257561/1‑140 (MQ=255) tCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCa < 1:239908/140‑1 (MQ=255) gtttttATCTAAAATAATAATTTTGACATATATT‑TATTTTAGTTTTTTTTAAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATTGTATTTTTGTTTTTGGCTTTAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGa < 2:251314/137‑1 (MQ=255) gTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGTCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGa < 2:40199/140‑1 (MQ=255) tCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGAc > 1:118984/1‑140 (MQ=255) ttATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTTTTCTTGAGCTTCTTTGATATTAAAATCCTAGACCAt > 2:266317/1‑140 (MQ=255) tATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGACCAtt > 1:242431/1‑140 (MQ=255) tATCTAAAATAATAATTTTACCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATTCAAGACAAtt > 2:6343/1‑140 (MQ=255) | CCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAG‑CTGTTCCGTCTTTATCTAAAATAATAATTTTGCCATATATG‑TATTTTAGTTCTTTTTCAATTTCTTTTTCGTTTAAAGTTTCAACGTTTTTATCTGCAATGTTATTTTTGTTTTGGGCTTGAGCTTCTTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAA > NC_012417/2325‑2603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |