| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 2664 = | 702 (1.070) | 4 (0.010) | 4/270 | 50.1 | 0.58% | coding (11/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2715 = | 686 (1.070) | intergenic (‑41/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATTAAAAATTAAAAATACAGATAATAAAATAATCAAAAAGTAAAAAAACTTATTCATATTAAACTCCTTTGTTTTTATATGTTAATATTATATTGAATTCATTTAAATAACAAAACAAGGGGGCATTTACAATGAATGCAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2806‑2664‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caatATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGT > NC_012417/2715‑2853 attgAAAAATGAAAAATACAGATAATAAAATAATCAAAATGTAAAAAAACTTATTCATATTAAACTCCTTTGTTTTTATATGTTAATATTATATTGAATTCATTTAAATAACAAAACAAGGGGGCATTTACAATGAATGC < 2:12475/136‑1aaaTAAAAATTAAAAATACAGATAATAAAATAATCAAAAAGTAAAAAAACTTATTCATATTAAACTCCTTTGTTTTTATATGTTAATATTATATTGAATTCATTTAAATAACAAAACAAGGGGGCATTTACAATGAATGC < 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TATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATCTGATATTCCTTTTGACTTTTTAGAAAtt > 2:223905/1‑138 AATTAAAAATTAAAAATACAGATAATAAAATAATCAAAAAGTAAAAAAACTTATTCATATTAAACTCCTTTGTTTTTATATGTTAATATTATATTGAATTCATTTAAATAACAAAACAAGGGGGCATTTACAATGAATGCAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2806‑2664‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caatATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGT > NC_012417/2715‑2853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |