New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | 2664 = | 702 (1.070) | 4 (0.010) | 4/270 | 50.1 | 0.58% | coding (11/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | 2715 = | 686 (1.070) | intergenic (‑41/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 722 total aligned reads displayed.
TTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTT > NC_012417/2576‑2854 | tttGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGACCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCaata > 1:65396/1‑140 (MQ=255) ttGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCGCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCaatat < 2:262601/140‑1 (MQ=255) gAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCATTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCaatataa > 2:16918/1‑140 (MQ=255) aTTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCaatataatat > 2:147001/1‑140 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |