New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 1057 | 840 (0.770) | 6 (0.010) | 6/222 | NT | 0.75% | coding (138/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 1071 | 865 (0.930) | coding (124/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
AGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/901‑1057 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtcttatttttgtgacaCTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTTTT < NC_012417/1071‑933 AGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT < 1:684571/140‑1 AGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGCCTTACCTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT > 1:317594/1‑140 GTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTc > 2:674239/1‑139 GTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTG > 1:112011/1‑140 GTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTG < 2:154902/140‑1 tcATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGT < 2:291909/138‑1 GATGAAGATAAAACAACAGACGAAGTAGAAAAAGCACATTCAATTATCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC < 2:131608/140‑1 GATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC < 1:236756/140‑1 GATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACACTAGTGTTGAAAAATATCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTtgc > 2:266363/1‑137 GATGAAGATAAAACAACAGAAGTAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC > 2:237452/1‑140 GATGAAGATAAAACAAAAGACGAAAAAAAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATAAAAAAAAAAAAAGTACTGTC < 2:146376/140‑1 ATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 2:619373/140‑1 ATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 2:752227/140‑1 ATGAAGAAAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 1:473641/140‑1 GAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAATTACTGTCTTA > 2:653739/1‑140 GAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTA > 1:712135/1‑140 GAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTA < 1:365587/140‑1 GAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAAGTATTATTTAAGACATTAGTGTTGCCTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTA > 1:390388/1‑140 AAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAT > 1:30455/1‑140 AAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAT < 2:462553/140‑1 AAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAT > 1:583191/1‑140 AGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATT > 1:359773/1‑140 AGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATT > 2:199265/1‑140 GATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTT > 1:463956/1‑140 GATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAATACTGTATTATTT > 2:232758/1‑140 ATAAAACAACAGACAAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTT > 2:755025/1‑140 AAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGT > 1:676027/1‑140 AAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGT < 1:59473/140‑1 cACAACTGACGCAGCAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 2:601135/139‑1 aagAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 2:551405/137‑1 AACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 1:18840/140‑1 AACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 2:115604/140‑1 AACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 1:665626/140‑1 AACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 1:232119/140‑1 AACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACAGTAAATTAGCTCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 2:534928/140‑1 acgACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAATACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC > 2:633124/4‑140 aaAACGGACGAAGAAGAAAAAGTACAGTCAAATACCGAAATTTTGAATTTCGAAAAGCGAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATGTTTTATAAAAAAGTACTGGCTTATTGTTGTGA < 2:476252/138‑1 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTAGCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA < 2:530130/140‑1 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAGGTACTGTCTTATTTTTGTGc > 2:173570/1‑139 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA < 1:438551/140‑1 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA < 2:515111/140‑1 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA > 1:693164/1‑140 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA < 2:313583/140‑1 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA < 2:505261/140‑1 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA > 2:693929/1‑140 ACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA > 2:735835/1‑140 CAACAGACGAGGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC < 2:565762/140‑1 CAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC < 1:284809/140‑1 CAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC < 2:223055/140‑1 CAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC < 1:26319/140‑1 CAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACAGTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC < 1:132820/140‑1 AACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACA < 1:560885/140‑1 ATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATGTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAA < 2:614599/140‑1 TGTCTTTTTTTTGTGACACTAAATACAGCATTTGACACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGG < 1:342336/140‑1 TGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGc > 2:678289/1‑139 TGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGG < 2:392287/140‑1 TGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGG < 1:734239/140‑1 GTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGT > 2:712563/1‑140 GTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGT > 1:747924/1‑140 GTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGT > 1:609130/1‑140 TCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATACGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCCACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCACATTGCGGTA > 1:168519/1‑140 TCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTTCGGTA > 2:432306/1‑140 TCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTA > 2:185710/1‑140 TCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTA > 2:423617/1‑140 TCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGGCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTA > 2:413707/1‑140 CTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAA > 2:708826/1‑140 CTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAA > 1:505420/1‑140 CTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTATTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAA > 2:596960/1‑140 TTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGCCATTCCAAATTTCGGTAAT > 2:362984/1‑140 TTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAAT > 2:406850/1‑140 TATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATT > 1:407371/1‑140 ATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTG < 1:615665/140‑1 ATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTG > 1:647706/1‑140 TTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAAATCAAAAAAAAAGACATTAGTAACCACTAATGTTTTAAATATTAATTTTGCTTTTCGAAATCCCAAATTGCGGTATTTGAAT > 1:144266/1‑140 TTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATG < 2:85026/140‑1 TTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATG < 2:243693/140‑1 TTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATG < 1:536093/140‑1 TTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATG < 1:419477/140‑1 TGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAACTCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTCAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCAAAATAGCGTTAATTTAATtt > 1:300404/1‑138 TGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGT > 1:6330/1‑140 TGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGT > 1:484330/1‑140 TGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGT > 1:106804/1‑140 TGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCAAAATTGCGGTAATTGAATGT > 2:658439/1‑140 TGTGACACTACATACACCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATATTGCTCTTCGCAATTCCATATTGCGGTAAATGAATGT > 2:324115/1‑140 GTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑ACAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTG > 2:44342/1‑140 GTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTGTTAT‑AAAAAATAAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGTTTTTCGAAATTCCAATTTGCGTTAATTGAATttc > 1:401682/1‑137 TGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AACAACTCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGC > 1:378007/1‑140 TGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAACAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTACAAATTGCGGTAATTGAATGTGa > 2:260007/1‑139 TGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCGAAATTGCGGTAATTGAATGTGC > 1:8916/1‑140 TGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGC > 1:643393/1‑140 TGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGC > 1:656237/1‑140 TGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAAAAATCATTGATTAAATAATAATTTAGCTCTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATAGAATGTGC > 2:700425/1‑140 TGACACTACATACAGCATTATGCACAAAAATAAGACAGTACTTATTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAATACTAATGTCTTAAATAATAAGTTTGCGTTTCGAAATGCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGC < 2:349971/140‑1 GACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGACATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCT > 2:697979/1‑140 GACACTACATACAGCATTTGTCAAAAAAATAAGACAGTAATTTTTTAT‑ACAAAATCAACAAACAAGACCTTAGCCAACACTAATGCCTTAACTAATAATTCTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCT > 1:196942/1‑140 ACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTT > 2:577490/1‑140 ACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGAAATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTT > 1:176870/1‑140 CACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTTT > 1:446937/1‑140 CACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGCAATTGAATGTGCTTT > 2:297811/1‑140 ACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTTTT < 2:73813/140‑1 AGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/901‑1057 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtcttatttttgtgacaCTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTAT‑AAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATTCCAAATTGCGGTAATTGAATGTGCTTTT < NC_012417/1071‑933 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |