New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 3069 | 309 (0.280) | 3 (0.000) | 3/244 | NT | 2.0% | intergenic (‑395/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
? | NC_012417 | = 3118 | 0 (0.000) | intergenic (‑444/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1160 total aligned reads displayed.
TTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2930‑3125 | tGAAACGAGTGTCAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAc < 1:378003/140‑1 (MQ=255) gAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTCTATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGACACGAAAATTTGACAATAAAAAAcc > 2:143458/1‑140 (MQ=255) gAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAcc < 2:546022/140‑1 (MQ=255) aaaCGAGTGTGAACGAGTTTCTTGGTGTTTTGTTAGTATATAGAAATAACTAGATTGTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGGTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAccc < 2:571340/140‑1 (MQ=255) aCGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTAATGTGTTTAAACGTGTTTGATTATGTAAAAGGAAAATTGAACAATAAAAAAACCCa > 2:189496/1‑140 (MQ=255) cGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAg < 1:694333/140‑1 (MQ=255) aGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGtt > 1:644152/1‑140 (MQ=255) tgtgAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTtat < 1:460939/140‑1 (MQ=255) aaCGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTAtatta > 2:478021/1‑140 (MQ=255) aaCGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGATTTTGTGCGTGGAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTAatataa > 2:426089/1‑138 (MQ=255) aaCGAGTTTCTTCTTGTATTAATAATATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAAATGTTAATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTAtatta < 2:204443/140‑1 (MQ=255) gAGTTTCTTGTGGTCTTGATACTATAGAGAGATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATAttatta < 2:49196/140‑1 (MQ=255) gTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAg > 2:629865/1‑140 (MQ=255) tcttctTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTTTTAAgctt < 2:347416/140‑4 (MQ=255) tcttctTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGgtg > 1:106743/1‑140 (MQ=255) tcttctTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGgtg > 2:169807/1‑140 (MQ=255) tcttctTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGgtg > 2:680118/1‑140 (MQ=255) cttcttGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGgtgt > 2:223902/1‑140 (MQ=255) cttcttGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGgtgt < 1:470825/140‑1 (MQ=255) tcttgtcttgATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg < 1:329448/140‑1 (MQ=255) ttgtcttgATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTAGaa > 2:584484/1‑140 (MQ=255) tgtcttgATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAAt > 1:83267/1‑140 (MQ=255) tgATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGACAATCTGACATACATAAACTTCAGTTATAGTATTAAGGTGTTGAATCTTaa > 2:736807/1‑140 (MQ=255) gATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTaaa < 2:275509/140‑1 (MQ=255) tACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaata < 1:207668/140‑1 (MQ=255) aCTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataa > 1:731172/1‑140 (MQ=255) aCTAGATAGAAGTAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataa < 1:180700/140‑1 (MQ=255) tatataGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAataata > 2:638973/1‑140 (MQ=255) tatataGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAataata > 2:750278/1‑140 (MQ=255) tataaaTAACTCGCTTTTATATATATAGGTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTgg < 2:417937/137‑1 (MQ=255) aGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggg > 2:650542/1‑140 (MQ=255) aaTAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑t < 2:232910/140‑1 (MQ=255) aCTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCttt > 2:314265‑M2/1‑137 (MQ=255) aCTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCttt < 1:268273‑M2/140‑4 (MQ=255) cTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCtttt > 1:439900‑M2/1‑136 (MQ=255) cTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCtttt < 1:583769‑M2/140‑5 (MQ=255) cTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCtttt < 2:467748‑M2/140‑5 (MQ=255) cTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑GCtttt < 1:428510‑M2/140‑5 (MQ=255) cTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCCAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCtttt > 1:493765‑M2/1‑136 (MQ=255) cTCGACTTTATGTATGTATCTCTAACTGTCGATATGACAGTGTATAAACGTGATTTTGTGAGTTAAAGGAAAATTTAAAAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCtttt > 2:333493‑M2/1‑136 (MQ=255) tCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACGGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGTAAAATTTGTCAATAAAAAACCCGAGTTATATTATTAAGTTGTCGAATCTGAAATCAT‑CTGTGGGATCttttt < 2:116339‑M2/140‑6 (MQ=255) cGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGACAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCttttta < 1:679809‑M2/140‑7 (MQ=255) cGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACGGGGAG‑TCttttta < 2:844‑M2/140‑7 (MQ=255) gATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCtttttat < 1:601290‑M2/140‑8 (MQ=255) ttAGATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTTCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgc > 1:633699‑M2/1‑136 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaat < 2:726445‑M2/140‑8 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaat < 1:97702‑M2/140‑8 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAATAGGGG‑ACGTGTTATaggcaat < 1:319182‑M2/140‑8 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGGTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaat > 1:661560‑M2/1‑133 (MQ=255) atatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaata > 2:438576‑M2/1‑132 (MQ=255) atatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaata > 2:246701‑M2/1‑132 (MQ=255) atataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatata < 1:135017‑M2/140‑11 (MQ=255) tataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataa > 1:259148‑M2/1‑129 (MQ=255) taGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataata > 2:153842‑M2/1‑127 (MQ=255) aGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatac > 1:534855‑M2/1‑126 (MQ=255) aGCTGTAACTGTTGATAATACAGTATTTAAACATGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTGTACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAATGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatac > 2:127851‑M2/1‑126 (MQ=255) tGTAACTTATGCTATTAACGGTTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactac > 2:758843‑M2/1‑123 (MQ=255) tGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactac < 1:705973‑M2/140‑18 (MQ=255) ggtAACTGTTGATAGTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactac > 1:570793‑M2/2‑123 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaacataatactacta < 2:405838‑M2/140‑20 (MQ=255) aCTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactaga < 2:106550‑M2/140‑22 (MQ=255) aCTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactaga < 2:382314‑M2/140‑22 (MQ=255) tGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAGCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACGGGGGG‑TCTTTTTATatgaaatataatactactagaag < 1:124888‑M2/140‑24 (MQ=255) ggtGGATAGTACTGTGGTTGAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGGGTCGAATCTTAAAGAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaag > 1:247558‑M2/2‑117 (MQ=255) gTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagt < 1:409620‑M2/140‑25 (MQ=255) gTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑ACTTTTTATattcaatataatacgactagaagt < 1:514239‑M2/140‑25 (MQ=255) gATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTCTATCATGCGGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtata < 1:757538‑M2/140‑28 (MQ=255) gATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTTGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtata < 2:122534‑M2/140‑28 (MQ=255) atatTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATacgcaatataatactactagaagtataa < 1:193947‑M2/140‑29 (MQ=255) tatTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataac > 1:100366‑M2/1‑111 (MQ=255) tACAGTGTTTAAACTTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccga > 2:519502‑M2/1‑108 (MQ=255) ttAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcagg < 2:600237‑M2/140‑41 (MQ=255) ttAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCACAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaaggatagacgaaaataaag < 2:703576‑M2/140‑41 (MQ=255) gacGTGTGTGTGTAGGTGAAAGGAAAGTTTGACAATATAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGATTCTTAAATAATACTGGGGG‑TCGTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagata > 2:459912‑M2/2‑97 (MQ=255) aaCGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatacgactagaagtataaccgaaaatcaagata > 1:296781‑M2/1‑97 (MQ=255) gtgtTTTTGTGCGGGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactaccagtctaaccgacgatccagataata < 1:156033‑M2/140‑47 (MQ=255) gtTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaa > 1:423349‑M2/1‑92 (MQ=255) tttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacg < 1:364755‑M2/140‑52 (MQ=255) ttGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgt < 1:200091‑M2/140‑53 (MQ=255) tgtgCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTTTCGAATCTTAAATAATACTTGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactaatagatgtataaccgaaaataaagataataacacatt < 2:669941‑M2/140‑54 (MQ=255) gCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaa > 2:299873‑M2/1‑84 (MQ=255) ggAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatga < 1:593439‑M2/140‑65 (MQ=255) ggAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTAGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgtgaaaggatatga < 1:349981‑M2/140‑65 (MQ=255) aaaaTTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTGTATatgcaatataatactacaagaagtataaccgaaaatcaagataagaaaacgttaaaagatatgacg > 1:744827‑M2/1‑74 (MQ=255) aaTTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaa < 1:145994‑M2/140‑69 (MQ=255) aTTTGACAATAAAAAGCCCAAGTTATTTTATTAAGTTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaa > 2:265418‑M2/1‑71 (MQ=255) aTTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaa > 1:715194‑M2/1‑71 (MQ=255) ttGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaac < 2:371841‑M2/140‑72 (MQ=255) cAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcactatagaactactagaagtataaccgaaaatccagatcataaaaccttcaaagatatgacgaaaagtggg < 2:660427‑M2/140‑76 (MQ=255) cAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagtataaccgaaaatcaagataataaaacgttaaaagatatgacgaaaagtggg < 1:288348‑M2/140‑76 (MQ=255) tAAAAAgacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcg < 1:399505‑M1/140‑135 (MQ=255) aaaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcga < 2:392261‑M1/140‑136 (MQ=255) aaaagacccccagtattatttaatattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgag < 1:224372‑M1/140‑137 (MQ=255) aaaagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcacattttcctttcaagcacaaacacacgcttaaacaccgtaatctcaacagttacagctatatatataaaatcgag < 1:165441‑M1/140‑137 (MQ=255) aaatacctccattattatttaagattcgacaccttaataatttaactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagt < 2:35754‑M1/140‑138 (MQ=255) aagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcattcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttactgctatatatataaaatccagtt > 2:560257‑M1/1‑2 (MQ=255) aagacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagtt < 2:689501‑M1/140‑139 (MQ=255) agacccccagtattatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtctaattttcctttcatgcataaaaacacgcttaaacactgtactatcaactgttacagctatatatataaaatcgatcaa > 2:612568‑M1/1‑1 (MQ=255) agacccccaggatgatttaagattcgacaccttaataatataactggggttttttattgtcaaattttcctttcacgcacaaaaacacgtttaaacactgtaatatcaacagttacagctatatatataaaatcgagtta < 2:2869‑M1/140‑140 (MQ=255) aaCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTATatgcaatataatactactagaagcataacataaaagaaagataataaaacggtaaaagataggacgaaaagtgggagacaagg < 1:554787‑M2/140‑84 (MQ=255) | TTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGG‑TCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2930‑3125 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |