| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_012417 | = 2020 | 1329 (0.910) | intergenic (+253/+73) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1867 total aligned reads displayed.
TTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTT > NC_012417/1853‑2131 | tttCTATAAAGCTGATGCTTTTTACGAGATGGCAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGt < 1:202067/140‑1 (MQ=255) ttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTc > 1:100425/1‑140 (MQ=255) ataAAGATGATGCTTTTGACGAGATGTAATAAAAATATAATTATCATGAATATAATAAAAAATAGACGACGCAATTATGCCGAGAAAATTTGTTTATGTAGAGAAGAACCTGTAACTAAACTTGCAA‑ACGAATggccaga > 2:536245/1‑134 (MQ=255) taAAGCTGATGCTTTGGACGAGACGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGCCGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCAt < 2:634651/140‑1 (MQ=255) taAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATTAATATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCAt < 2:146377/140‑1 (MQ=255) aaGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAg > 1:501084/1‑140 (MQ=255) aGATGCTGCTTCTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATCAAAAATACACGACGCATTTATGCCGAGAAAATGTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGc < 2:46116/140‑1 (MQ=25) aGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGc < 1:658281/140‑1 (MQ=255) aGATGATGCTTGTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGc < 1:691029/140‑1 (MQ=255) aataaagCTTTGGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCg < 2:133552/134‑1 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taataaAAATTAGACGCCGCATTGATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTCAGAATGCAT‑ACGAATGTCGGCATAGCTTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGt < 2:175366/140‑1 (MQ=14) aatacAAAATAGGCGTCGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACGAAACTTGCAG‑ACAAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATGCGAGAGGTTGCGGGTGTGGTAAGGGtt > 2:187173/1‑140 (MQ=11) aataaAAAATAGGCGACGGATTTATGCCGAGAAAATTGACTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAATCTTGCAT‑TCTAATTTAGGAGTAGCGTGTGCTAGTAATCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGtt < 1:330100/140‑1 (MQ=14) ataaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCAAGGCACGTGCTAATAAGCCGACCATTCGAGAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTc > 2:420695/1‑140 (MQ=14) aaaaaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCg > 1:121715/1‑140 (MQ=255) aaaaTAGACGACGCATTTATGCGGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAg < 1:400834/140‑1 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1:159404/1‑140 (MQ=14) aaCTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACcattcgtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatc < 1:182467‑M2/140‑97 (MQ=255) aaCTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAtt > 1:281036/1‑140 (MQ=255) aCTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCACGTAAGCGATTGGACGAAATCTTATCTAAAGGAACCCCTATTTAAGATTa > 1:295627/1‑140 (MQ=14) cgtGCAA‑AAGAAGGGCGGCATAGCGTGACCTATTAAGCCGACCAGTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTAc < 1:233760/138‑1 (MQ=18) cTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTATTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCCATAAACCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACACCTATCTAAGATTAc > 2:405399/1‑140 (MQ=17) tGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAACTAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGCTTACAt > 2:160956/1‑140 (MQ=255) tGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACAt > 2:21946/1‑140 (MQ=255) tGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACAt > 1:33788/1‑140 (MQ=255) gCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACAtt > 1:457292/1‑140 (MQ=255) cAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTg > 1:442964/1‑140 (MQ=255) g‑ACGAATGTCGACATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACAATGTa > 1:240843/1‑140 (MQ=255) aCGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATGGGAATAAATAGTATCTAAAGTGACCCGTATTTAAGATTACATTGTAc > 1:363096/1‑140 (MQ=255) gAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACAt > 1:546904/1‑140 (MQ=255) aaTGgtcggcttaatagctcacgctatgccgacattcgtctgcaagtatagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatcatatttttcttc < 1:585143‑M1/140‑137 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGTTTCCGATGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATc > 2:344570/1‑140 (MQ=255) aTGTCGTCAGAACGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc < 1:90196/140‑1 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc < 1:148977/140‑1 (MQ=255) tGgtcggcttaatagctcacgctatgccgacattcgtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatcatatttttcttcca < 1:353988‑M1/140‑139 (MQ=255) tGTCGTCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCt < 2:688508/140‑1 (MQ=255) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGCCCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGATCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGACTCAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTCTaagtccgt > 2:26661/1‑133 (MQ=18) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTTAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCtt < 2:101017/140‑1 (MQ=255) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCtt > 1:254710/1‑140 (MQ=255) | TTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAG‑ACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTT > NC_012417/1853‑2131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |