| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_012417 | = 2020 | 1329 (0.910) | intergenic (+253/+73) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1687 total aligned reads displayed.
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1:495002/1‑140 (MQ=255) aGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGt < 2:573623/140‑1 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTTAGATTACATTGTACATc > 2:363532/1‑140 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATc > 1:312618/1‑140 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACACGTATTTAAGGTTACATTGTACATc > 2:373077/1‑140 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc > 1:148693/1‑140 (MQ=255) tGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTAcctcct > 1:408594/1‑140 (MQ=255) tGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCt < 2:38466/140‑1 (MQ=255) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAGTAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCtt > 1:191443/1‑140 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTc > 1:354058/1‑140 (MQ=255) actgCATAGCCTTAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAATTAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTc < 1:114798/137‑1 (MQ=255) tAGCGTGAGCTATTAAGCCGACTATTCGATAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCCAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCAATATTAACCCTTATTTAAGTTTTCATTGTACATCCTTCGAAAcc < 1:102569/140‑1 (MQ=18) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATACTTCGAAACCAta > 1:474880/1‑140 (MQ=255) tGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACGAtagt > 2:17516/1‑140 (MQ=255) aGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCAtagtag > 1:133365/1‑140 (MQ=255) gCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGGAACCATAGTAGc > 2:104368/1‑140 (MQ=255) aTTAGGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGc < 2:233199/140‑1 (MQ=255) ttAAGCCGACCATTCGACAAGGTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCg < 2:262134/140‑1 (MQ=255) tAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGa > 1:365885/1‑140 (MQ=255) gACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGCTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAg < 1:450180/140‑1 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTGAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt > 1:435967/1‑140 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTACGCTGACAGTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt > 2:496943/1‑140 (MQ=255) | GATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTG‑GGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCT > NC_012417/1881‑2159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |