| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1766474 = | 48 (0.880) | 4 (0.080) | 3/240 | NT | 8.9% | coding (379/561 nt) | tag | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1766523 = | 37 (0.730) | coding (428/561 nt) | tag | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1 | |||||
GACTTTTCCAAATATCGTTCATCATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGA > USA300TCH1516_ALE/1766335‑1766613 | gcaaattaattatgtttaggctttgatggacaatcttctaaatgtgcatcatataaaccggctgcttctaaacacgaaaagactgttactggacctaaaaatttacacccatattgttttaaatctttaaaaagttgtgt < 1:293343‑M1/1‑1 (MQ=255) agttttTCAAATATCGTTCATAATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTGAAGGGTATTTAAAAATTCAACCAGCAGATTTTATGTGTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGGAAGCCTAAAGAttt < 1:185244/138‑1 (MQ=255) cTTTTCTAAACATCGTTCATCATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGCTGATAGTTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTg < 2:305667/140‑1 (MQ=255) cTTTTCCAAATATCGTTCATCATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTg < 2:275748/140‑1 (MQ=255) attaattatgtttaggctttgatggacaatcttgtaaatgtgcatcatataaaccggctgcttctaaaaacgcaaatactgttactggacctacaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCa < 2:519678‑M1/5‑1 (MQ=255) attaattatgtttaggctttgatggacaatcttgtaaatgtgcatcatataaaccggctgcttctaaaaacgaaaatactgttactggacctaaaagtctaaacccgcattgttttaaatatttagatagttgtgTTGCa < 2:118557‑M1/5‑1 (MQ=255) ttaattatgtttaggctttgatggacaatcttgtaaatgtgcatcatataaaccggctgcttctaaaaacgaaaatactgttactgggcctaaaaatttaaacccgtattgttttaaagctttagatagttgggTTGCAg < 2:324380‑M1/6‑1 (MQ=255) ttaattatgtttaggctttgatggacaatcttgtaaatgtgcatcatataaaccggctgcttctaaaaacgaaaatactgttactggacctaaaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAg < 2:46490‑M1/6‑1 (MQ=255) ccAAATATCGTTCATCATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTa < 2:648969/140‑1 (MQ=255) aattatgtttaggctttgatggacaatcttgtaaatgtgcatcatataaaccggctgcttctaaaaacgaaaatactgttactggacctaaaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAGTa < 1:470533‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaTATCGTTCATCATTGTCAAAAATTAGAAGCAATTGATAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTCTAGTAAATTTTTATGGTGATATGTAAATGGTAAGACTAAAGAATTGCAGTATg > 1:372243/1‑140 (MQ=255) tatCGTTCATCATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAAc > 2:344535/1‑140 (MQ=255) tatCGTTCATCATCGAAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACCAGCATATGGTAGTCTTAGGAGACATTTCTGGTCATATGTAAATGGTAAGCCCAAACATTTGCAGTATGCAc > 2:56842/1‑140 (MQ=255) atCGTTCATAATCGTAAAAAATTATAAGAAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTAGGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACa < 2:572502/140‑1 (MQ=255) tCGTTCATCATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTAAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGGTTTGCAGTATGAACAt > 1:152838/1‑140 (MQ=255) cGTTCATCATCCTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACAtt < 2:389957/140‑2 (MQ=255) tcatcaTCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCtt < 1:74329/140‑1 (MQ=255) aaaaaaTTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTAt < 2:573271/140‑1 (MQ=255) aaaaaaTTAGAAGCAATCGATAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTAt < 1:507592/140‑1 (MQ=255) aTTAGAAGCAATTGTTAATTAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAg < 1:398617/140‑1 (MQ=255) aTTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGATCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAg < 2:380054/140‑1 (MQ=255) aGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTtg > 1:46490/1‑140 (MQ=255) aGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGATAAGCCTAAAAATTTGAAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTtg > 1:324380/1‑140 (MQ=255) gAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTTTTTGGTAATCCTAACGTTTTGTAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTtga < 1:591981/140‑1 (MQ=255) gtgcatcatataaaccggctgcttctaaaaacgaaaatactgttactggacctaaaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATAc > 1:259975‑M1/97‑140 (MQ=255) gtgcaacatataaaccggctgcttctaaaaaccaaaatactgttactggacctaaaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATAc > 1:259972‑M1/97‑140 (MQ=255) ttttAATCAATCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTg < 2:494024/138‑1 (MQ=255) ttAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGAATAGGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCa > 2:438003/1‑140 (MQ=255) aTCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACCTGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAaca > 1:551283/1‑140 (MQ=255) caagtcaaaGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAAcaca < 1:845/133‑1 (MQ=255) catgttATTTAAAAATTAAACAAGAATATGGTTGATTTAGTATATTTGTATGGTAATATGTAAATAGTAAGCATAAACATTTGCAGAAGCAAGATGCTTGGGATCGTATCACAATTGATGATACTGCAACACAACTATCt > 2:280263/6‑140 (MQ=255) aaGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCt < 2:196194/140‑1 (MQ=255) ggTTTTTAAAAATTGAACAATCATATGGTAGTTTTAGTAATTTTTTAGGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTaaa < 2:118057/140‑1 (MQ=255) ggTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTAAGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTaaa < 1:442766/140‑1 (MQ=255) ggTATCTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATGTTTATTGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTaaa < 2:249741/140‑1 (MQ=255) tttAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGGAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGAtt > 2:470533/1‑140 (MQ=255) aaaaaTTGAAAAAGCATATGGTAGTGTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGGATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTaa < 1:329383/140‑1 (MQ=255) aaaTTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTAGCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTaaaa < 1:188877/140‑1 (MQ=255) atactgttactggacctaaaaatttaaacccgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTTTCTAAAGATTTAAAACAATACgg < 2:212944‑M1/80‑1 (MQ=255) aaGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACggg > 1:571024/1‑140 (MQ=255) tatGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTATGTTGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTTATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAAAAATACGGGTTTaa > 1:520417/1‑140 (MQ=255) tatGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTaa > 1:121066/1‑140 (MQ=255) tatGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTaa > 2:188197/1‑140 (MQ=255) atGGTAGTTTTAGTAAATTTTTGTAGTAATATGTAAATGGTAACCCTATAGATTTTCTGGATGACCATTCTTCTGATCGTATCTCAGTTCATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTaaa < 2:297072/140‑1 (MQ=255) ggTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTACATTGTAATCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTGAAAACAATACGGGTTTAAAtt < 1:344535/140‑1 (MQ=255) tatttttAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAAtttt < 2:255397/137‑1 (MQ=255) tAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAg > 1:605326/1‑140 (MQ=255) aTTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTACAGCTTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTaa > 1:620093/1‑140 (MQ=255) aTGGTCATATTTAAATGCTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAt < 2:157952/140‑1 (MQ=255) aTGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAt < 1:595906/140‑1 (MQ=255) cgtattgttttaaatctttagatagttgtgTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCATCATAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAtt > 1:212944‑M1/31‑140 (MQ=255) gTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGGTTGGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTAtttt < 2:551283/140‑1 (MQ=255) cttatGTAAATGGTAAGCTTAATGATTTGCAGTGTGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCg < 1:135932/138‑1 (MQ=255) caaTGGGAAGCGCAAAGATTTGCAGTATGAACCTGCTTCTGATCGTAGCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTACAGATTTAAAACAATACTGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTCACAGTATTTTCGTTTTTAg < 2:372243/139‑1 (MQ=255) aaaTGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAg < 2:55729/140‑1 (MQ=255) aaTGGTCAGTCTAAAGATTTGCAGTATGAACATTTTTCTGATTGTATCATGGTTGATGATACTGCAACACAACTAGCTAAAGATTTAAAATTAAACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGa < 1:386228/140‑1 (MQ=255) aaTGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGa < 1:550253/140‑1 (MQ=255) ggTAAGTCGAAAGATTTGCACTATGAACATGCTTCTGAGCGTATTACTATTGATTATACAGCAACACATCTATCAAAAGATGTAAAACGATTCGGGTTTAAAGTTTTAGGTCGAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGCaga < 2:130207/140‑2 (MQ=255) tAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAagcag < 1:398749/140‑1 (MQ=255) tAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAagcag < 1:195543/140‑1 (MQ=255) tAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTGTCGTTTTTAGAagcag < 1:323428/140‑1 (MQ=255) aTTTGCAGTATGAACATGGTTCTGATCGTGGCACGGTTGATGTTGCTGCAGCAGAACTAGCTAAAAATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTatat > 2:659243/1‑140 (MQ=255) aTTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGGTGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGGCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGCAGCAGCCCGTTTctat > 2:321986/1‑140 (MQ=255) aTTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCTGGTTTatat > 1:391411/1‑140 (MQ=255) TTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATatga < 2:595341‑M1/140‑1 (MQ=255) TTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAAAAATAAGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTAATatga < 1:42439‑M1/140‑1 (MQ=255) | GACTTTTCCAAATATCGTTCATCATCGTAAAAAATTAGAAGCAATTGTTAATCAAGCTCAAGGGTATTTAAAAATTGAACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCATATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTATGAACATGCTTCTGATCGTATCACAGTTGATGATACTGCAACACAACTATCTAAAGATTTAAAACAATACGGGTTTAAATTTTTAGGTCCAGTAACAGTATTTTCGTTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGA > USA300TCH1516_ALE/1766335‑1766613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |